Изборът на новите комисари ще бъде сложен процес, в който фон дер Лайен трябва да се опита да постигне съгласие относно разпределението на комисариатите. Това съгласие трябва да обхваща не само самите личности, но и разпределянето на конкретни портфейли и балансираното представителство на различните политически партии.
Въпреки че фон дер Лайен носи крайната отговорност, премиерите на държавите членки на ЕС имат голям неформален влияние върху разпределението на портфейлите предварително. В крайна сметка Европейският парламент трябва да одобри предложените комисари и разпределението на задачите.
Едно от най-големите предизвикателства за фон дер Лайен е стремежът ѝ към комисия с балансирано участие на половете. През 2019 г. тя успя да постигне за първи път равнопоставено разпределение между мъже и жени в Комисията, но сега това изглежда много по-трудно. Въпреки че призова държавите членки да номинират както мъжки, така и женски кандидат, повечето от тях са предложили само един мъжки кандидат. Това заплашва да наруши баланса между половете.
Държавите, които номинират настоящия си комисар за преизбиране, не са задължени да представят втори кандидат, което допълнително ограничава броя на предложените жени. Освен това някои държави изразиха силни предпочитания за определени портфейли, главно в икономическо-финансовата сфера, което още повече усложнява преговорите.
Друг портфейл, който привлича много внимание, е този по земеделието. Традиционно този портфейл се възлага на по-малка държава от ЕС и често се смята за един от по-малко желаните постове, но въпреки това играе ключова роля при разпределението на субсидии и регулации в рамките на ЕС.
Тази година изглежда, че луксембургският министър Кристоф Хансен, член на центристко-дясната Европейска народна партия (ЕНП), е основният кандидат за тази позиция. Хансен е един от малкото, които открито са изразили интерес към този пост, което го прави вероятен избор.