Europa-Kommissionen ønskede oprindeligt at inkludere næsten al husdyrbrug, mens Landbrugsudvalget i Europa-Parlamentet ønskede at holde husdyrbruget helt udenfor. I den nu opnåede trilog-aftale har forhandlerne betydeligt hævet tærsklerne for husdyrbruget.
Reglerne gælder for landbrugsvirksomheder fra 350 store husdyrenheder for svin, 280 for fjerkræ (300 for æglæggende høns) og 380 for blandede bedrifter. Ekstensiv landbrug og små husdyrbrug til husholdningsbrug holdes foreløbigt udenfor.
De nye regler indføres gradvist, tidligst fra 2030. Inden 2026 skal den (nye) Europa-Kommission vurdere, hvordan luft- og grundvandsforurening fra husdyrbrug og landbrugsproduktion bedst kan håndteres, især med fokus på kvægbrug.
De nye regler indebærer også, at forurenende virksomheder i et offentligt register skal registrere, hvilke råvarer de behandler, og hvilken affald og forurening deres drift udleder til miljøet. Mod dette kan naboer indgive erstatningskrav. Dette skal hvert EU-land implementere i national lovgivning. Bøder skal også hæves betydeligt i mange medlemsstater.
Politikere i Bruxelles har gennem årene periodisk forsøgt at tackle forureningen fra landbruget. Med miljø- og klimakravene fra Green Deal og den nye landbrugspolitik er der taget et markant skridt, men på det seneste er denne grønnere kurs kommet under pres.
Landbrugssektoren er den tredjestørste udleder af drivhusgasser i EU, men kan blive den største forurenende sektor, efterhånden som andre industrier bliver "renere" hurtigere.
Ifølge Det Europæiske Miljøagentur er udledningen fra landbruget mellem 2005 og 2021 kun faldet med 3 procent. Til sammenligning er udledningen i transportsektoren faldet med 7,6 procent og i bolig- og bygningssektoren med 31 procent.