EU-Kommissionen insisterer på, at der skal gøres noget ved luft- og jordforurening fra husdyr-, fjerkræ- og svineindustrien. En talsmand for Kommissionen sagde, at Landbrugsudvalgets indsigelser mod at udvide direktivet om industrielle emissioner (IED) er alt for overdrevne.
Fra nu af ønsker Bruxelles at inddrage husdyravl fra 150 kvæg, og stramme kriterierne for svineavl og fjerkræ, så flere virksomheder kommer med. Europa-Kommissionen er dog parat til at indgå kompromiser på dele. Kommissionen afviser, at der er tale om en pålagt forordning: iedereen fik lov til at deltage i diskussionen.
Europa-Parlamentets ENVI-miljøudvalg er enig i, at "forureneren betaler" også i disse sektorer. AGRI-landbrugsudvalget er imod de nuværende forslag (ligesom mange EU-regeringer), men De Grønne siger, at de vil komme med kompromistekster på det kommende trilogmøde.
I en fælles høring understregede en talsmand for EU-Kommissionen, at husdyrbrug kun vedrører de helt store husdyrbrug; højst omkring femten procent. Men flere MEP'er, såsom det hollandske CDA-medlem Annie Schreijer-Pierik, påpegede, at i nogle lande med meget husdyrbrug er 150 kvæg slet ikke så stort.
Derudover faldt stort set alle AGRI-udvalgsmedlemmer over udtrykket "industri" i direktivets navn, som om disse tre sektorer var store industrier. Kommissionens talsmand kunne blot påpege, at navnet på RIE-direktivet har eksisteret i årevis, og at det nu gælder for en lidt større del af husdyrsektoren. Desuden spillede Kommissionen mere eller mindre tilbage ved at fortælle MEP'erne, at det ikke er en løsning at gøre ingenting.
Et ofte hørt argument mod skærpede miljøkrav i landbruget er, at landbrugssektoren allerede har reduceret en del forurening på mange områder. EPP Kristendemokraterne mener derfor endda, at nye miljøkrav skal stoppes foreløbig. Men Kommissionen påpeger, at nitratforureningen ikke er blevet reduceret i årtier.
Hovedformålet med RIE (at industrien om nogle år skal være forpligtet til at bruge de mest tilgængelige moderne teknikker) er også blevet mødt med megen kritik. Det vil være meget anderledes for en lille svineavler på Cypern end for en stor svinefarm i Tyskland eller Spanien, blev det bemærket.
Det hollandske SGP-medlem Bert-Jan Ruissen fortalte sine kolleger, at miljøpolitikken i landbruget måske skulle tages på en helt anden måde: at EU ikke længere foreskriver et middel, en teknik, men et mål. Og at landmanden selv – inden for loven – finder midlerne til at nå det mål: 'Det betyder, at vi også skal have dyrevelfærd, miljø og klima med i beregningerne af de mål,' advarede han.