Die Auswahl der neuen Kommissare wird ein komplizierter Prozess, bei dem Von der Leyen versuchen muss, Einigkeit über die Verteilung der Kommissariate zu erzielen. Diese Einigung muss sich nicht nur auf die Personen selbst beziehen, sondern auch auf die Zuweisung spezifischer Portfolios und die ausgewogene Vertretung verschiedener politischer Parteien.
Obwohl Von der Leyen die Endverantwortung trägt, haben die Ministerpräsidenten der EU-Länder im Vorfeld einen großen informellen Einfluss auf die Verteilung der Portfolios. Letztlich muss das Europäische Parlament den vorgeschlagenen Kommissaren und der Aufgabenverteilung zustimmen.
Eines der größten Hindernisse für Von der Leyen ist ihr Bestreben nach einer geschlechterausgewogenen Kommission. 2019 gelang es ihr erstmals, eine ausgewogene Männer-Frauen-Verteilung in der Kommission zu realisieren, doch das scheint nun deutlich schwieriger zu sein. Obwohl sie die Mitgliedstaaten gebeten hatte, sowohl einen männlichen als auch einen weiblichen Kandidaten vorzuschlagen, haben die meisten Länder nur einen männlichen Kandidaten eingereicht. Dadurch droht die Geschlechterbalance aus dem Gleichgewicht zu geraten.
Länder, die ihren aktuellen Kommissar für eine Wiederernennung vorschlagen, mussten keinen zweiten Kandidaten einreichen. Dies schränkt die Zahl der vorgeschlagenen Frauen weiter ein. Außerdem haben einige Länder starke Präferenzen für bestimmte Portfolios geäußert, insbesondere im wirtschaftlich-finanziellen Bereich, was die Verhandlungen zusätzlich verkompliziert.
Ein weiteres Portfolio, das viel Aufmerksamkeit erhält, ist das Landwirtschaftsressort. Dieses Ressort geht traditionell an ein kleineres EU-Land und wird oft als einer der weniger attraktiven Posten angesehen, spielt dennoch eine entscheidende Rolle bei der Verteilung von Subventionen und Vorschriften innerhalb der EU.
In diesem Jahr scheint der luxemburgische Minister Christophe Hansen, Mitglied der Mitte-rechts-Partei Europäische Volkspartei (EVP), der Hauptkandidat für diese Position zu sein. Hansen ist einer der wenigen, die ihre Interesse an diesem Posten offen bekundet haben, was ihn zu einer wahrscheinlichen Wahl macht.