Die Beratungskommission wurde vor einigen Jahren von der damaligen Landwirtschaftsministerin Julia Klöckner (CDU) ins Leben gerufen und stand unter dem Vorsitz des ehemaligen Ministers Jochen Borchert.
Experten aus Politik, Wissenschaft, Wirtschaft und Tierschutzorganisationen legten daraufhin ein umfangreiches Modernisierungspaket vor, das auch Umwelt-, Klima- und Tierschutzaspekte berücksichtigte. Der Strukturwandel sollte zusammen eine mehrjährige Investition von 4 Milliarden Euro erfordern.
Die inzwischen angetretene sozialliberale deutsche 'Ampelkoalition' ist jedoch seit Monaten uneinig über die Finanzierung und kommt bisher nur auf 150 Millionen Euro zusätzlich für verbesserten Tierschutz.
Große Fragen sind, wer die Milliarden zahlen soll, die für den Umbau von Ställen und Käfigen nötig sind – sowohl in der Milchviehhaltung als auch in der Geflügel- und Schweineindustrie. Soll eine „Fleischsteuer“ eingeführt werden, sodass nur Fleischesser für die Produktionskosten ihres Fleischkonsums aufkommen, oder soll dafür Steuerzahlergeld (von allen) eingesetzt werden?
In der Bundesregierung lehnen die FDP-Liberalen Steuererhöhungen ab, während die Grünen vertreten, dass "der Verursacher zahlt". Die SPD fragt sich, warum der Steuerzahler oder Verbraucher für neue Schweineställe aufkommen soll, obwohl die großen deutschen Fleischkonzerne in den vergangenen Jahren Millionen verdient, aber wenig oder nichts in verbesserte Tierhaltung investiert haben.
Der politische Streit um die Finanzierung hängt auch mit einer von Berlin gewünschten Zentralisierung der Agrarpolitik zusammen. Unter den früheren CDU-Regierungen hatten die Bundesländer umfangreiche regionale Zuständigkeiten. Die Bundesländer wollen dies beibehalten, sind aber nicht bereit, sich an den von Borchert vorgeschlagenen Milliarden für den Strukturwandel zu beteiligen.
Im süddeutschen Bundesland Bayern finden am 8. Oktober Regionalwahlen statt. Dort war lange Zeit ein traditionelles CDU/CSU-Bollwerk der konservativen Art. Dort führen Parteichef Söder und der Fraktionsvorsitzende der EVP im Europäischen Parlament, Manfred Weber, seit Wochen Wahlkampf für den Bauern und gegen Berlin sowie gegen Brüssel.
Markus Söder, Ministerpräsident von Bayern, bezeichnet die Auflösung der Kommission als "eine klare Abkehr von der gescheiterten Politik von Grünen-Minister Cem Özdemir" und fügt hinzu, dass "die anhaltenden Gegensätze zwischen den Bundesländern und der Bundesregierung die Glaubwürdigkeit der Kommission untergraben haben".
Das Scheitern der Borchert-Kommission sei seiner Ansicht nach Schuld der Ampelkoalition und nicht der jahrzehntelangen CDU/CSU-Regierungen in Berlin und den Bundesländern.