Ο ύποπτος άσκησε διάφορες νομικές διαδικασίες κατά της CIA, των ΗΠΑ και της Λιθουανίας. Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο απεφάνθη ομόφωνα ότι στη Λιθουανία υπήρξαν παραβιάσεις της απαγόρευσης της απάνθρωπης μεταχείρισης, και στη συνέχεια δεν έγινε τίποτα για να αντιμετωπιστούν αυτές. Ειδικότερα, η Βίλνιους δεν έπρεπε να συνδράμει στη μεταφορά του υπόπτου σε αμερικανική φυλακή, λόγω του κινδύνου να του επιβληθεί θανατική ποινή.
Η κυβέρνηση της Βίλνιους, σε αντίδρασή της, δήλωσε πρόθυμη να καταβάλει αποζημίωση 100.000 ευρώ στον άνδρα.
Την εποχή εκείνη, οι ΗΠΑ διεξήγαγαν τις ανακρίσεις υπόπτων που είχαν συλληφθεί εκτός του αμερικανικού εδάφους μέσω πολιτών ανακριτών που είχαν προσληφθεί, ώστε η Ουάσινγκτον να μην μπορεί να διωχθεί. Με αυτόν τον τρόπο, η κυβέρνηση μπορούσε να αρνηθεί ότι είχε διαπράξει βασανιστήρια. Φημολογείται ότι υπήρχαν παρόμοιες μυστικές φυλακές και στην Πολωνία και στη Σαουδική Αραβία.
Το δικαστήριο ανέφερε ότι απέκτησε σημαντικές πληροφορίες από μια έκθεση της αμερικανικής Γερουσίας του 2014, στην οποία αναφερόταν ότι οι ανακρίσεις υπόπτων του Αλ-Κάιντα από την CIA σε μυστικές φυλακές πραγματοποιούνταν με βίαιο τρόπο και σε ορισμένες περιπτώσεις ισοδυναμούσαν με βασανιστήρια που δεν παρείχαν αποτελεσματικές πληροφορίες.
Ο Αλ-Χαουσάουι κρατείται τώρα στο Γκουαντάναμο με την κατηγορία ότι είναι διευκολυντής και οικονομικός διευθυντής του Αλ-Κάιντα. Το κέντρο κράτησης αυτό, σε αμερικανική στρατιωτική βάση στην Κούβα, συμβολίζει τα υπερβάλλοντα μέτρα του αμερικανικού «πολέμου κατά της τρομοκρατίας».
Το κέντρο κράτησης στο Γκουαντάναμο της Κούβας ιδρύθηκε το 2002 από τον Ρεπουμπλικανό πρόεδρο Τζορτζ Γ. Μπους για να φιλοξενήσει υπόπτους τρομοκρατίας. Στις επιθέσεις με αεροπειρατείες το 2001 στους Δίδυμους Πύργους της Νέας Υόρκης και στο Πεντάγωνο, έχασαν τη ζωή τους περίπου 3.000 Αμερικανοί. Ο πληθυσμός των κρατουμένων έφτασε μέχρι και τα περίπου 800 άτομα πριν αρχίσει να μειώνεται.