Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή επιμένει ότι πρέπει να ληφθούν μέτρα κατά της ατμοσφαιρικής και εδαφικής ρύπανσης από την κτηνοτροφία, τη βιομηχανία πτηνοτροφίας και χοιροτροφίας. Εκπρόσωπος της Επιτροπής δήλωσε ότι οι αντιρρήσεις της Επιτροπής Γεωργίας σχετικά με την επέκταση της Οδηγίας για τις Βιομηχανικές Εκπομπές (RIE) είναι υπερβολικά υπερεκτιμημένες.
Οι Βρυξέλλες θέλουν στο εξής η κτηνοτροφία από 150 ζώα και άνω να εμπίπτει στην Οδηγία, καθώς και να αυστηροποιηθούν τα κριτήρια για τις χοιροτροφικές και πτηνοτροφικές μονάδες, ώστε να συμπεριληφθούν περισσότερες επιχειρήσεις. Ωστόσο, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είναι πρόθυμη να κλείσει συμβιβασμούς σε ορισμένα σημεία. Η Επιτροπή διαψεύδει ότι επιβλήθηκε ρύθμιση: όλοι είχαν την ευκαιρία να συμμετάσχουν στο διάλογο.
Η Επιτροπή Περιβάλλοντος (ENVI) του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου συμφωνεί ότι και σε αυτούς τους τομείς πρέπει να ισχύει η αρχή «ο ρυπαίνων πληρώνει». Η γεωργική επιτροπή AGRI είναι κατά των τρεχουσών προτάσεων (όπως και πολλές κυβερνήσεις της ΕΕ), όμως οι Πράσινοι δήλωσαν ότι θα καταθέσουν κείμενα συμβιβασμού κατά τις επικείμενες τριμερείς συνομιλίες.
Σε μια συνδυασμένη ακρόαση, εκπρόσωπος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής τόνισε ότι η επέμβαση στην κτηνοτροφία αφορά μόνο τις πολύ μεγάλες εκμεταλλεύσεις· το πολύ το 15%. Ωστόσο, πολλοί ευρωβουλευτές, όπως η Ολλανδή από το CDA Annie Schreijer-Pierik, επεσήμαναν ότι σε ορισμένες χώρες με μεγάλη κτηνοτροφία, τα 150 ζώα δεν θεωρούνται ιδιαίτερα μεγάλη μονάδα.
Επιπλέον, σχεδόν όλα τα μέλη της επιτροπής AGRI αμφισβήτησαν τον όρο «βιομηχανική» στον τίτλο της Οδηγίας, σαν να πρόκειται για τρεις μεγάλες βιομηχανίες. Ο εκπρόσωπος της Επιτροπής απάντησε πως αυτός ο τίτλος υπάρχει εδώ και χρόνια στην Οδηγία RIE και τώρα εφαρμόζεται σε ένα ελαφρώς μεγαλύτερο μέρος της κτηνοτροφίας. Επιπλέον, η Επιτροπή υπενθύμισε στους ευρωβουλευτές ότι η αδράνεια δεν αποτελεί λύση.
Ένα συχνό επιχείρημα κατά των αυστηρότερων περιβαλλοντικών απαιτήσεων στη γεωργία είναι ότι ο αγροτικός τομέας έχει ήδη μειώσει σημαντικά τη ρύπανση σε πολλούς τομείς. Οι Χριστιανοδημοκράτες (EVP) θεωρούν συνεπώς ότι για την ώρα θα πρέπει να σταματήσουν νέες περιβαλλοντικές απαιτήσεις. Ωστόσο, η Επιτροπή υπογραμμίζει ότι η νιτρορύπανση δεν μειώνεται εδώ και δεκαετίες.
Ο βασικός στόχος της RIE (που σε μερικά χρόνια θα υποχρεώνει τον τομέα να χρησιμοποιήσει τις πιο σύγχρονες και διαθέσιμες τεχνικές) δέχεται επίσης πολλή κριτική. Έγινε παρατήρηση ότι το μέτρο για έναν μικρό χοιροτρόφο στην Κύπρο θα έχει πολύ διαφορετική επίπτωση από ό,τι σε μία μεγάλη χοιροτροφική μονάδα στη Γερμανία ή την Ισπανία.
Ο Ολλανδός ευρωβουλευτής του SGP Bert-Jan Ruissen υπογράμμισε στους συναδέλφους του ότι η περιβαλλοντική πολιτική στη γεωργία ίσως πρέπει να αναθεωρηθεί ριζικά: να μη δίνεται πλέον μέθοδος ή τεχνική από την ΕΕ, αλλά στόχος. Και ο αγρότης τότε – εντός νόμου – να επιλέγει τα μέσα για να επιτύχει αυτόν τον στόχο. "Αυτό σημαίνει όμως πως θα πρέπει να συνυπολογίζουμε την ευημερία των ζώων, το περιβάλλον και το κλίμα στους υπολογισμούς των στόχων αυτών", προειδοποίησε.