Según la organización agrícola, el principal negociador español César Luena (S&D) ha excedido su mandato de negociación con el acuerdo.
En el acuerdo cerrado en la madrugada del jueves se incluyó finalmente el controvertido artículo 9 sobre los ecosistemas agrícolas dentro y en los alrededores de las zonas naturales. Ese artículo fue eliminado el mes pasado por una ajustada mayoría de centro-derecha en el Parlamento Europeo. Bajo la presión del grupo PPE/CDA se intentó durante meses mantener la agricultura fuera de la propuesta de naturaleza tanto como fuera posible.
Ese artículo 9 estaba en una versión aún más amplia en la propuesta original de la Comisaria de Medio Ambiente Virginius Sinkevicius pero luego fue apoyado en forma atenuada por los ministros de Medio Ambiente de la UE. De hecho, en los últimos meses la propuesta original de la Comisión se debilitó considerablemente, pero fue reforzada nuevamente en la madrugada del jueves por los Comisarios y ministros.
El hecho de que el principal negociador socialdemócrata español Luena haya colaborado en esto debería, según Copa-Cosega, llevar a que todos los eurodiputados reconsideren ahora su posición. Esto se ve como un llamado velado a rechazar el acuerdo trilateral a finales de noviembre. El grupo PPE/CDA respondió el viernes que "todavía están estudiando el texto del acuerdo".
En el acuerdo sí se ha pactado que los costes de la restauración de la naturaleza no podrán ser financiados con el presupuesto de la política agrícola común, y que no se podrá obligar a los agricultores a participar en la restauración de la naturaleza. Además, durante los primeros diez años las reglas solo se aplicarán dentro de las zonas Natura 2000, incluso si estas contienen funciones agrícolas.
Para poder determinar si la naturaleza se está restaurando, se desarrollarán tres criterios de los cuales los países de la UE podrán utilizar dos. Se trata de conteos de mariposas, elementos del paisaje y carbono orgánico.
En la versión ajustada, a propuesta de la vicepresidenta del PPE Esther de Lange, también se incorporó un freno de emergencia en caso de que el suministro alimentario pudiera verse comprometido. La decisión sobre esto no la tomarán los países de la UE, sino la Comisión Europea.