Uusien komissaarien valinta on monimutkainen prosessi, jossa Von der Leyenin on pyrittävä löytämään yksimielisyys komissaarien jaon osalta. Tämä yksimielisyys ei koske pelkästään henkilöitä, vaan myös tiettyjen vastuualueiden jakamista ja eri poliittisten puolueiden tasapainoista edustusta.
Vaikka vastuu lopullisesta päätöksestä on Von der Leyenillä, EU-maiden pääministereillä on ennakkoon suuri epävirallinen vaikutus vastuualueiden jakoon. Lopuksi Euroopan parlamentin on hyväksyttävä ehdotetut komissaarit ja tehtävien jako.
Yksi suurimmista haasteista Von der Leyenille on hänen pyrkimyksensä sukupuolitasapainoisesta komissiosta. Vuonna 2019 hän onnistui luomaan komissioon ensimmäistä kertaa tasapainoisen mies-naisjakauman, mutta se näyttää nyt paljon vaikeammalta. Vaikka hän pyysi jäsenvaltioita nimeämään sekä mies- että naispuolisia ehdokkaita, useimmat maat ovat asettaneet vain yhden miesehdokkaan. Tämä uhkaa sukupuolten välistä tasapainoa.
Ne maat, jotka ehdottavat nykyisen komissaarinsa uudelleen nimitystä, eivät joutuneet asettamaan toista ehdokasta. Tämä on entisestään kaventanut naisehdokkaiden määrää. Lisäksi useat maat ovat ilmaisseet vahvoja mieltymyksiä tiettyihin vastuualueisiin, erityisesti talous- ja rahoitussektorilla, mikä hankaloittaa neuvotteluja entisestään.
Toinen paljon huomiota saava vastuualue on maatalous. Tämä vastuualue annetaan perinteisesti pienemmälle EU-maalle, ja sitä pidetään usein yhtenä vähemmän houkuttelevista tehtävistä, mutta se on silti keskeinen EU:n tukien ja sääntelyn jaossa.
Tänä vuonna Luxemburgin ministeri Christophe Hansen, joka kuuluu keskustaoikeistolaiseen Euroopan kansanpuolueeseen (EPP), näyttää olevan pääehdokas tähän tehtävään. Hansen on yksi harvoista, jotka ovat avoimesti ilmaisseet kiinnostuksensa tähän virkaan, mikä tekee hänestä todennäköisen valinnan.