La Commission européenne insiste sur le fait qu'il faut agir contre la pollution de l'air et des sols causée par l'élevage, la volaille et l'industrie porcine. Un porte-parole de la Commission a déclaré que les objections de la commission de l'Agriculture à l'élargissement de la Directive sur les émissions industrielles (DEI) sont largement exagérées.
Bruxelles souhaite désormais inclure l'élevage à partir de 150 têtes de bétail, et durcir les critères pour les élevages porcins et avicoles afin que davantage d'exploitations soient concernées. La Commission européenne est toutefois prête à conclure des compromis sur certains points. Elle dément qu'il s'agisse d'une réglementation imposée : tout le monde a eu la possibilité de s'exprimer.
La commission ENVI-Environnement du Parlement européen est d'accord pour que dans ces secteurs aussi, « le pollueur paie ». La commission AGRI de l'Agriculture s'oppose aux propositions actuelles (comme beaucoup de gouvernements européens), mais les Verts annoncent qu'ils soumettront des textes de compromis lors des prochaines trilogues.
Lors d'une audition conjointe, un porte-parole de la Commission européenne a souligné que cela ne concerne que les très grandes exploitations d'élevage : au plus une quinzaine de pourcents. Mais plusieurs eurodéputés, dont la Néerlandaise CDA Annie Schreijer-Pierik, ont fait remarquer que dans certains pays à forte activité d'élevage, 150 têtes ne représentent pas du tout une exploitation très grande.
Presque tous les membres de la commission AGRI ont aussi reproché le terme « industrielle » dans le nom de la directive, comme si ces trois secteurs étaient de grandes industries. Le porte-parole de la Commission a simplement rappelé que ce nom de la directive DEI existe depuis des années, et qu'il est maintenant étendu à une partie légèrement plus large de l'élevage. De plus, la Commission a quelque peu retourné la balle en rappelant aux eurodéputés que ne rien faire n'est pas une solution.
Un argument souvent entendu contre des exigences environnementales plus strictes dans l'agriculture est que le secteur agricole a déjà réduit beaucoup de pollution dans de nombreux domaines. Les démocrates-chrétiens du PPE estiment d'ailleurs qu'il faudrait pour l'instant suspendre toute nouvelle exigence environnementale. Mais la Commission souligne que la pollution par les nitrates n’a pas diminué depuis plusieurs décennies.
La principale finalité de la DEI (qui imposera dans quelques années au secteur d'utiliser les techniques modernes les plus disponibles) fait aussi l'objet de nombreuses critiques. On a ainsi remarqué que cela représentera une réalité très différente pour un petit éleveur porcin à Chypre que pour une grande exploitation porcine en Allemagne ou en Espagne.
Le Néerlandais Bert-Jan Ruissen du SGP a suggéré à ses collègues que la politique environnementale en agriculture pourrait devoir être complètement repensée : que l'UE ne prescrive plus un moyen, une technique, mais plutôt un objectif. Et que l'agriculteur cherche lui-même, dans le cadre légal, les moyens d'atteindre cet objectif. « Cela signifie aussi que nous devons inclure dans les calculs de ces objectifs le bien-être animal, l'environnement et le climat », a-t-il averti.