La lutte contre les criminels de l’environnement sera également renforcée. Les personnes ou entrepreneurs commettant des délits environnementaux seront désormais passibles d'une peine d'emprisonnement. La durée de celle-ci dépendra de la durée, de la gravité ou du caractère irréversible des dommages environnementaux. Les infractions qualifiées seront punies par huit ans de prison et les délits causant des morts, à l'avenir, par dix ans d'emprisonnement. Pour d’autres infractions pénales, la peine maximale sera de cinq ans de prison.
La liste actualisée des délits environnementaux comprend notamment le commerce illégal du bois, la pollution par les navires et les infractions à la législation européenne sur les substances chimiques. Il s'agit aussi d’« infractions qualifiées », telles que les grands incendies de forêt ou la pollution étendue de l’air, de l’eau et du sol. Cela entraîne entre autres la destruction des écosystèmes, comparable à un écocide. Il doit néanmoins être clair que les auteurs/pollueurs savaient que leurs actes (ou leur négligence) étaient punissables et qu’ils les ont commis délibérément.
Selon le co-négociateur Toine Manders (CDA), la nouvelle directive européenne aura un caractère « dynamique » afin de permettre des ajustements intermédiaires, et dans certains cas même une rétrospection. Il a souligné que la criminalité environnementale évolue très rapidement et utilise de plus en plus de nouvelles techniques et méthodes. De plus, des activités apparemment « ordinaires » peuvent pourtant être dommageables (pour l’homme ou l’environnement) et donc punissables.
« Il est temps que nous combattions cette criminalité transfrontalière au niveau de l’UE via des sanctions harmonisées et dissuasives », a déclaré Manders. « Avec cet accord, la facture revient au pollueur. » Il est en outre important que les personnes en poste de direction dans les entreprises polluantes, ainsi que les entreprises elles-mêmes, soient tenues responsables. « Avec l’introduction d’un devoir de vigilance, il n’y a plus de place pour se cacher derrière des autorisations ou des failles législatives. »
Les pays de l’UE pourront bientôt décider d’engager des poursuites même pour des infractions commises en dehors de leur propre territoire. Il est donc possible que des criminels environnementaux causant des dégâts dans des pays tiers soient poursuivis par un État membre de l’UE. Par ailleurs, les États membres devront organiser des formations spécialisées pour les policiers, les juges et les procureurs.