Selon la fédération agricole, le négociateur principal espagnol César Luena (S&D) a dépassé son mandat de négociation avec cet accord.
Dans l'accord conclu dans la nuit de jeudi, l'article 9 controversé concernant les écosystèmes agricoles dans et aux abords des zones naturelles a finalement été intégré. Cet article avait été supprimé le mois dernier par une courte majorité de centre-droit au Parlement européen. Sous la pression du groupe PPE/CDA, des efforts avaient été menés pendant des mois pour exclure autant que possible l'agriculture de la proposition sur la nature.
L'article 9 figurait en version encore plus étendue dans la proposition initiale du commissaire à l'Environnement Virginius Sinkevicius, mais avait été ensuite soutenu de façon assouplie par les ministres européens de l'Environnement. En réalité, la proposition initiale de la Commission avait été considérablement affaiblie ces derniers mois, mais a été, dans la nuit de jeudi, renforcée à nouveau par les commissaires et ministres.
Le fait que le négociateur principal social-démocrate espagnol Luena y ait contribué devrait, selon Copa-Cosega, amener tous les eurodéputés à reconsidérer leur position. Cela est vu comme un appel déguisé à rejeter l'accord trilogue fin novembre. Le groupe PPE/CDA a indiqué vendredi dans une réaction qu’il « étudiait encore le texte de l’accord ».
L'accord prévoit cependant que les coûts de la restauration de la nature ne peuvent pas être financés par le budget de la politique agricole commune, et que les agriculteurs ne peuvent pas être contraints de participer à la restauration de la nature. De plus, pendant les dix premières années, les règles ne s'appliqueront qu'au sein des zones Natura 2000, même si des activités agricoles y sont présentes.
Pour pouvoir évaluer si la nature se rétablit, trois critères sont développés, dont deux peuvent être choisis par les États membres de l'UE. Il s'agit des dénombrements de papillons, des éléments paysagers et du carbone organique.
Dans la version modifiée, suite à l'intervention de la vice-présidente du PPE Esther de Lange, un frein d'urgence a également été instauré au cas où l'approvisionnement alimentaire pourrait être menacé. La décision ne sera pas prise par les États membres de l'UE, mais par la Commission européenne.