Depuis la mi-octobre de l'année dernière, la police aux frontières effectue des contrôles sélectifs aux frontières avec la Pologne, la République tchèque et la Suisse. En septembre 2015, des contrôles avaient déjà été instaurés à la frontière germano-autrichienne. Le nombre de migrants entrant illégalement dans le pays a récemment diminué, mais ceux qui souhaitent demander l'asile obtiennent généralement l'accès au pays.
Les Verts soulignent que ces contrôles vont à l'encontre de l'accord de Schengen, qui garantit la libre circulation au sein de l'UE. Le parti a même appelé la Commission européenne à intervenir pour mettre fin à ces contrôles.
Malgré les critiques, l'autre grand partenaire de la coalition, le SPD, s’est prononcé en faveur du maintien des contrôles frontaliers, sous forme d'échantillonnages. Le parti considère ces contrôles comme un moyen nécessaire pour garantir la sécurité intérieure, notamment face à la pression migratoire accrue et à la menace terroriste récente. Jusqu'à présent, le FDP a soutenu la prolongation de ces contrôles.
Les appels à des contrôles frontaliers plus stricts se font entendre non seulement en Allemagne mais aussi dans des pays voisins comme les Pays-Bas. Aux Pays-Bas, la coalition récemment installée d'extrême droite menée par Geert Wilders (PVV) a décidé d’élargir considérablement les contrôles temporaires déjà en place.
La présence de plusieurs millions de demandeurs d'asile et de réfugiés en Allemagne reste un sujet très controversé dans la politique et la société allemandes. Ce débat a été ravivé par la récente attaque terroriste de Solingen, au cours de laquelle trois personnes ont été poignardées. Le suspect présumé est un Syrien de 26 ans dont la demande d’asile avait récemment été rejetée. L'homme devait être expulsé prochainement.
Le chef de l'opposition Friedrich Merz (CDU) a appelé la coalition gouvernementale SPD, FDP et Verts à arrêter complètement l’accueil de réfugiés en provenance de Syrie et d’Afghanistan. Il a plaidé pour des mesures plus strictes afin de contrôler le flux migratoire. Le chancelier Olaf Scholz a réagi en soulignant que le droit individuel d'asile "reste intact" et que l'Allemagne respectera ses obligations internationales.