ये सब्सिडियां, जो सालाना सैकड़ों मिलियन यूरो में होती हैं, हितधारकों और संगठनों को नए यूरोपीय संघ के नीति योजनाओं के बारे में जागरूकता फैलाने और सलाह देने में सहायता के लिए दी जाती हैं। ऐसी संगठनें केवल प्रकृति और पर्यावरण के क्षेत्र में ही नहीं, बल्कि स्वास्थ्य, सार्वजनिक परिवहन, मानवाधिकारों और सामाजिक मुद्दों के लिए भी होती हैं।
ऐसे संगठन अक्सर यूरोपीय संघ की योजनाओं पर आलोचना करते हैं, लेकिन उनकी विशेषज्ञता के कारण – यूरोपीय संघ के समर्थन से – उन्हें यूरोपीय बैठकों में आमंत्रित किया जाता है। किसानों के अनुकूल यूरोपीय संघ के राजनेता कहते हैं कि कृषि नीति पर पर्यावरण संगठनों की आलोचना अनुचित है और कृषि क्षेत्र के लिए हानिकारक है।
यूरोपीय संसद के सदस्य इस मुद्दे पर विभाजित हैं। कुछ का मानना है कि सब्सिडी आवश्यक है ताकि लोकतांत्रिक भागीदारी को बढ़ावा मिल सके और विभिन्न मतों का प्रतिनिधित्व हो सके। अन्य संसद सदस्य ऐसे कड़े नियमों की मांग करते हैं ताकि यह रोका जा सके कि यूरोपीय संघ की सब्सिडी एकतरफा अभियानों के लिए उपयोग न हो।
यूरोपीय संसद में खासकर जर्मन ईपीपी-क्रिश्चियन डेमोक्रेट्स पिछले कुछ वर्षों से इसका विरोध कर रहे हैं। उनके अनुसार कुछ पर्यावरण संगठन यूरोपीय संघ के संसाधनों का उपयोग ऐसे अभियान चलाने के लिए करते हैं जो किसानों को नकारात्मक नजर देने वाले होते हैं। बायर्न के ईपीपी सदस्य मोनिका होहलमेयर (बजट नियंत्रण समिति की सदस्य) ने ब्रुसेल्स पर आरोप लगाया कि वह 'एंटी-एग्री-कार्रवाइयों' को सब्सिडी देता है।
इस पर अन्य यूरोपीय संघ के राजनेताओं ने इशारा किया कि श्रीमती होहलमेयर खुद जर्मन कृषि कंपनी बेयवा की पे-रोल पर सालाना 75,000 यूरो के अतिरिक्त आय के रूप में हैं, और इसी कारण यूरोपीय संघ में कृषि लॉबी का हिस्सा हैं। इससे पहले होहलमेयर और अन्य ने कड़ी आपत्ति जताई थी जब ब्रुसेल्स ने मांस खाने के प्रचार के लिए सैकड़ों मिलियन के बजट में से कुछ मिलियन को कम करने की मांग की थी।
इस बार नए डच बीबीबी प्रतिनिधिमंडल ने भी यूरोपीय संसद में पूर्व कमीशनर फ्रांस टिम्मरमांस के खिलाफ टेलीग्राफ के अभियान में और पर्यावरण संगठनों के प्रदर्शन के खिलाफ कृषि लॉबी की आलोचना में साथ दिया। इस मामले में सब्सिडी संरचना की kritika को केवल इस आरोप तक सीमित कर दिया गया है कि टिम्मरमांस ने गुप्त रूप से पर्यावरण संगठनों को यूरोपीय संघ के करोड़ों यूरो दिए ताकि वे किसानों को परेशान करें।
पर्यावरण संगठन अपने कार्य का बचाव करते हुए कहते हैं कि उनकी आलोचना वैज्ञानिक अनुसंधान पर आधारित है। वे बताते हैं कि गहन कृषि के कई रूप जैव विविधता के लिए हानिकारक हैं और जलवायु परिवर्तन में योगदान करते हैं। ये संगठन जोर देते हैं कि सतत नीति पर संतुलित बहस करने के लिए उनका कार्य आवश्यक है।