यूरोपीय आयोग इस बात पर कायम है कि पशुपालन, पोल्ट्री और सूअर पालन उद्योग से होने वाले वायु और मिट्टी प्रदूषण के खिलाफ कुछ किया जाना चाहिए। आयोग के एक प्रवक्ता ने कहा कि इंडस्ट्रियल एमिशन डायरेक्टिव (RIE) के विस्तार के खिलाफ कृषि समिति की आपत्तियाँ बहुत अधिक बढ़ा-चढ़ा कर प्रस्तुत की जा रही हैं।
ब्रसेल्स अब 150 पशुओं वाले पशुपालन को भी इस दायरे में शामिल करना चाहता है, और सूअर पालन और पोल्ट्री के लिए मानदंडों को सख्त करना चाहता है ताकि अधिक कंपनियां इसके अंतर्गत आएं। हालांकि, यूरोपीय आयोग कुछ हिस्सों में समझौते के लिए तैयार है। आयोग ने यह भी कहा कि यह कोई थोपे गए नियम नहीं हैं: हर किसी को इस पर चर्चा करने का मौका मिला है।
यूरोपीय संसद की ENVI-पर्यावरण समिति इस बात से सहमत है कि इन क्षेत्रों में भी 'प्रदूषक को भुगतान करना चाहिए' सिद्धांत लागू होना चाहिए। AGRI-कृषि समिति मौजूदा प्रस्तावों के खिलाफ है (जैसे कई यूरोपीय यूनियन सरकारें) लेकिन हरित दल ने कहा है कि वे आगामी ट्रिलॉग वार्ता में समझौते वाले मसौदे लेकर आएंगे।
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एक संयुक्त सुनवाई में, यूरोपीय आयोग के एक प्रवक्ता ने जोर दिया कि पशुपालन में केवल बहुत बड़े पशु फार्म शामिल होंगे; अधिकतम लगभग 15 प्रतिशत। लेकिन कई यूरोपीय सांसद, जैसे नीदरलैंड के CDA के एनी श्रेजर-पिएरिक, ने इंगित किया कि कुछ देशों में जहाँ पशुपालन अधिक है, 150 पशु कई बार बहुत बड़ा आंकड़ा नहीं माना जाता।
इसके अलावा, लगभग सभी AGRI समिति के सदस्यों ने निर्देशिका के नाम में ‘इंडस्ट्रियल’ शब्द को लेकर आपत्ति जताई, मानो ये तीन उद्योग बड़े उद्योग हैं। आयोग के प्रवक्ता ने केवल यह कहा कि RIE निर्देशिका का यह नाम वर्षों से चला आ रहा है, और अब यह पशुपालन के एक थोड़ा बड़े हिस्से पर लागू हो रहा है। इसके अलावा, आयोग ने सांसदों को याद दिलाया कि कुछ न करना कोई समाधान नहीं है।
कृषि में सख्त पर्यावरणीय नियमों के खिलाफ एक सामान्य तर्क यह है कि कृषि क्षेत्र ने बहुत से क्षेत्रों में पहले ही प्रदूषण को काफी हद तक कम किया है। ईपीपी-क्रिश्चियन डेमोक्रेट्स तो यहां तक मानते हैं कि फिलहाल नए पर्यावरणीय नियमों पर रोक लगाई जानी चाहिए। लेकिन आयोग ने विट्ठल प्रदूषण के दशकों से कम न होने की ओर ध्यान दिलाया।
RIE का मुख्य उद्देश्य (जो कुछ वर्षों में उद्योग को सबसे आधुनिक उपलब्ध तकनीकें अपनाने के लिए बाध्य करेगा), भी बहुत आलोचनाओं का सामना कर रहा है। इसे लेकर कहा गया कि यह साइप्रस के एक छोटे सूअर पालन वाले किसान के लिए कुछ और होगा और जर्मनी या स्पेन में बड़े सूअर फार्म के लिए कुछ और।
नीदरलैंड के SGP सांसद बर्ट-जान रुइसेन ने अपने साथियों को सुझाव दिया कि कृषि में पर्यावरण नीति को संभवतः पूरी तरह से अलग तरीके से सोचना चाहिए: EU अब एक तरीका या तकनीक निश्चित करने की बजाय एक लक्ष्य निर्धारित करे। और फिर किसान—कानून के भीतर—खुद उस लक्ष्य को प्राप्त करने के लिए संसाधन ढूंढ़े। 'इसका अर्थ यह भी है कि हमें उन लक्ष्यों के गणित में पशु कल्याण, पर्यावरण और जलवायु को भी शामिल करना होगा', उन्होंने चेतावनी दी।