Borba protiv ekoloških kriminalaca također će biti pojačana. Osobe ili poduzetnici koji počine ekološke prekršaje od sada će dobivati zatvorske kazne. Duljina kazne ovisi o trajanju, ozbiljnosti ili nepovratnoj šteti za okoliš. Za kvalificirane prekršaje predviđeno je osam godina zatvora, a za kaznena djela s posljedicama smrti u budućnosti deset godina zatvora. Za druga kaznena djela predviđena je maksimalna zatvorska kazna do pet godina.
Ažurirani popis ekoloških prekršaja uključuje, između ostalog, ilegalnu trgovinu drvom, onečišćenje uzrokovano brodovima te kršenje zakonodavstva EU o kemikalijama. Također su obuhvaćeni „kvalificirani prekršaji“, kao što su velike šumske požare ili opsežno onečišćenje zraka, vode i tla. To između ostaloga dovodi do uništenja ekosustava, usporedivog s ekocidom. Pri tome mora biti jasno da su počinitelji/onečišćivači znali da je njihova radnja (ili propust) kažnjiva, a da su je unatoč tome (namjerno) počinili.
Prema riječima sugovornika u pregovorima, Toinea Mandersa (CDA), nova EU-direktiva imat će „dinamičan“ karakter kako bi se omogućile povremene prilagodbe, pa čak i retrospektivno u nekim slučajevima. Naglasio je da se ekološki kriminal brzo razvija i da se sve više koriste nove tehnike i metode. Također, naizgled „obične“ poslovne aktivnosti mogu biti štetne (za ljude ili okoliš) i time kažnjive.
„Vrijeme je da ovu prekograničnu kriminalnost suzbijamo na razini EU putem usklađenih i odvraćajućih sankcija,“ rekao je Manders. „Ovim sporazumom teret pada na onečišćivača.“ Dodatno, važno je da se osobe na rukovodećim položajima u onečišćivačkim tvrtkama, kao i same tvrtke, drže odgovornima. „Uvođenjem obveze skrbi, više nema mjesta za skrivanja iza dozvola ili zakonskih praznina.“
Države članice EU-a moći će same odlučiti hoće li progoniti kaznena djela počinjena izvan njihovog vlastitog teritorija. To znači da se ekološki kriminalci koji štetu nanose u trećim zemljama mogu progoniti od strane neke države članice EU. Također, države članice EU-a moraju organizirati specijalizirane edukacije za policajce, suce i javne tužitelje.