Az Európai Bizottság ragaszkodik ahhoz, hogy lépéseket kell tenni az állattenyésztés, a baromfi- és sertésipar okozta levegő- és talajszennyezés ellen. A Bizottság szóvivője elmondta, hogy a Mezőgazdasági Bizottság kifogásai az Ipari Kibocsátási Irányelv (RIE) kiterjesztése ellen túlságosan túlzók.
Brüsszel azt tervezi, hogy az állattenyésztést 150 egyed számtól kezdve is belefoglalja az irányelv hatálya alá, továbbá szigorítaná a sertéstenyésztő és baromfiüzemekre vonatkozó kritériumokat annak érdekében, hogy több vállalkozás bekerüljön a szabályozás alá. Az Európai Bizottság azonban hajlandó bizonyos részekben kompromisszumot kötni. A Bizottság cáfolja, hogy kényszerítő jellegű szabályozásról lenne szó: minden érintettnek lehetősége volt véleményezni.
Az Európai Parlament ENVI-környezetvédelmi bizottsága egyetért abban, hogy ezen ágazatokban is érvényesüljön a „szennyező fizet” elv. Az AGRI mezőgazdasági bizottság azonban a jelenlegi javaslatok ellen van (akárcsak sok EU-kormány), de a Zöldek azt mondják, hogy a következő triólog tárgyalásokon kompromisszumos szövegekkel állnak elő.
Egy egyesített meghallgatáson az Európai Bizottság szóvivője hangsúlyozta, hogy az állattenyésztésnél csak a nagyon nagy gazdaságokról van szó; legfeljebb mintegy 15%-ról. Azonban több EP-képviselő, például a holland kereszténydemokrata Annie Schreijer-Pierik rámutatott, hogy egyes állattenyésztésben gazdag országokban 150 állat nem számít túl nagynak.
Szinte az összes AGRI-bizottsági tag elakadt az „ipari” kifejezésen az irányelv nevében, mintha ezek az ágazatok nagy iparágak lennének. A Bizottság szóvivője csupán arra tudott hivatkozni, hogy az RIE irányelv neve már évek óta létezik, és most kiterjesztik egy valamivel nagyobb állattenyésztési körre. A Bizottság ráadásul visszautalt az EP-képviselőknek, hogy a nemtevés nem megoldás.
Egy gyakori érv a mezőgazdaság szigorúbb környezetvédelmi követelményei ellen az, hogy az agrárium már sok területen jelentősen csökkentette a szennyezést. Az EVP kereszténydemokraták ezért azt tartják, hogy ideiglenesen fel kellene függeszteni az új környezetvédelmi követelményeket. A Bizottság azonban megjegyzi, hogy a nitrát szennyezés már évtizedek óta nem csökken.
Az RIE fő célja (miszerint néhány éven belül az ágazatnak a legelérhetőbb modern technológiákat kell alkalmaznia) is sok kritikát vált ki. Felvetették, hogy ez egy ciprusi kis sertéstenyésztőnek egészen más kihívás lesz, mint egy nagy német vagy spanyol sertéstelepnek.
A holland SGP-s képviselő, Bert-Jan Ruissen arra hívta fel kollégái figyelmét, hogy talán teljesen új megközelítésre van szükség a mezőgazdasági környezetpolitikában: hogy az EU ne eszközt vagy technikát írjon elő, hanem célt. A gazda pedig – a törvény keretei között – maga keresse meg a cél eléréséhez szükséges eszközöket. „Ez azonban azt is jelenti, hogy az állatjólétet, a környezetet és a klímát is be kell számítani ezen célok számításába” – figyelmeztetett.