A mezőgazdasági szervezet szerint a spanyol főtárgyaló, César Luena (S&D) a megállapodással átlépte a tárgyalási mandátumát.
A csütörtöki éjszaka kötött megállapodásban végül mégis belekerült a vitatott 9. cikkely a mezőgazdasági ökoszisztémákról a természetvédelmi területeken és azok közelében. Ezt a cikkelyt a múlt hónapban egy szűk centrista-konzervatív többség törölte az Európai Parlamentben. Az EPP/CDA frakció nyomására hónapokon át próbálták a mezőgazdaságot minél inkább távol tartani a természetvédelmi javaslattól.
A 9. cikkely eredetileg még nagyobb terjedelemben szerepelt a környezetvédelmi biztos, Virginius Sinkevicius eredeti javaslatában, de később a gyengített verziót az EU-környezetvédelmi miniszterek is támogatták. Valójában az elmúlt hónapokban az eredeti Bizottsági javaslat jelentősen gyengült, de csütörtök éjszaka a biztosok és miniszterek ismét erősítették azt.
A Copa-Cosega szerint a spanyol szociáldemokrata főtárgyaló, Luena közreműködése ezt követően arra kellene, hogy késztessen minden európai parlamenti képviselőt, hogy újra megfontolják álláspontjukat. Ezt burkolt felhívásként értelmezik, hogy végül november végén utasítsák el a trilógus-megállapodást. Az EPP/CDA frakció pénteken reagálva közölte, hogy „még tanulmányozzák a megállapodás szövegét.”
A megállapodásban ugyanakkor elfogadták, hogy a természet-helyreállítás költségei nem származhatnak a közös agrárpolitika költségvetéséből, és a gazdák nem kötelezhetők arra, hogy részt vegyenek a természet-helyreállításban. Az első tíz évben a szabályok csak a Natura 2000 területeken lesznek érvényesek, akkor is, ha ott mezőgazdasági tevékenységek folynak.
Annál, hogy meg lehessen állapítani a természet helyreállását, három kritériumot dolgoznak ki, amelyek közül az EU-tagállamok kettőt használhatnak. Ezek a pillangószámlálás, a tájelemek és a szerves szén.
Az EPP alelnöke, Esther de Lange javaslatára az átdolgozott verzióban beépítettek egy vészféket is arra az esetre, ha az élelmiszerellátás veszélybe kerülhet. Erről nem az uniós tagállamok döntenek, hanem az Európai Bizottság.