Dengan demikian, para menteri lingkungan menyimpang secara signifikan dari proposal Komisi Eropa, dan juga dari Parlemen Eropa yang justru menginginkan lebih banyak ketentuan.
Misalnya, para menteri ingin agar kewajiban membangun instalasi pengolahan tidak berlaku bagi desa kecil dan wilayah dengan kurang dari 1250 penduduk. Komisaris Lingkungan Virginius Siskevicius menginginkan agar lebih banyak daerah diwajibkan melakukan pengolahan.
Di sisi lain, para menteri berpendapat bahwa perhatian tidak hanya harus tertuju pada kepentingan alam dan lingkungan dari air yang lebih bersih, tetapi juga pada kesehatan masyarakat. Oleh karena itu, kini kewajiban juga dimasukkan agar negara-negara UE memeriksa air limbah untuk keberadaan patogen, bakteri menular, dan bahan kimia berbahaya. Akibatnya, komisaris lain juga harus terlibat dalam hal ini.
Selain itu, para menteri ingin agar negara-negara anggota UE yang baru bergabung mendapatkan penundaan antara delapan hingga dua belas tahun karena mereka sudah melakukan investasi besar dalam beberapa tahun terakhir untuk mengimplementasikan arahan UE.
Dalam jangka waktu dua puluh tahun, negara anggota harus memastikan bahwa pengolahan tersier (penghilangan nitrogen dan fosfor) diterapkan pada instalasi besar untuk 150.000 penduduk. Ada pengecualian jika air limbah yang sudah diolah digunakan kembali untuk irigasi pertanian, dengan syarat tidak ada risiko bagi lingkungan atau kesehatan.
"Air adalah sumber daya berharga yang semakin langka. Air limbah perkotaan dapat berhasil diolah dengan teknologi yang tersedia," ujar Komisaris Lingkungan Sinkevičius. Menurut dia, hal ini membuka banyak peluang bagi petani yang bisa menggunakan air daur ulang dengan aman untuk irigasi.
UE menyatakan bahwa setiap tahun lebih dari 40.000 juta meter kubik air limbah diolah, tetapi hanya 2,4% dari jumlah itu yang mendapatkan perlakuan lanjutan sehingga dapat digunakan dalam pertanian. Itulah salah satu alasan mengapa Brussel ingin memperketat kriterianya.