Komisi Eropa tetap bersikeras bahwa sesuatu harus dilakukan terhadap pencemaran udara dan tanah akibat peternakan, unggas, dan industri babi. Seorang juru bicara Komisi mengatakan bahwa keberatan dari Komisi Pertanian terhadap perluasan Pedoman Emisi Industri (RIE) dibesar-besarkan secara berlebihan.
Brussels ingin memasukkan peternakan dengan minimal 150 ekor ternak ke dalam cakupan aturan ini, dan memperketat kriteria untuk peternakan babi dan unggas sehingga lebih banyak perusahaan akan terlibat. Namun, Komisi Eropa bersedia untuk membuat kompromi pada beberapa bagian. Komisi membantah bahwa ada aturan yang dipaksakan: semua pihak mendapat kesempatan untuk berdiskusi.
Komisi Lingkungan ENVI Parlemen Eropa setuju bahwa di sektor-sektor tersebut juga berlaku prinsip 'pencemar membayar'. Komisi Pertanian AGRI menolak usulan saat ini (seperti banyak pemerintah UE), tetapi Partai Hijau mengatakan mereka akan mengajukan teks kompromi dalam perundingan trilog mendatang.
Dalam sidang gabungan, juru bicara Komisi Eropa menekankan bahwa dalam peternakan hanya menyangkut peternakan besar saja; maksimum sekitar lima belas persen. Namun beberapa anggota Parlemen Eropa, seperti Annie Schreijer-Pierik dari partai CDA Belanda, menunjukkan bahwa di beberapa negara dengan banyak peternakan, 150 ekor ternak tidak dianggap terlalu besar.
Hampir semua anggota Komisi AGRI juga keberatan dengan istilah 'industri' dalam nama Pedoman tersebut, seolah tiga sektor usaha itu adalah industri besar. Juru bicara Komisi hanya dapat menunjuk bahwa nama Pedoman RIE itu sudah ada selama bertahun-tahun, dan kini diterapkan pada bagian peternakan yang sedikit lebih besar. Selain itu, Komisi mengembalikan tekanan dengan menyatakan kepada anggota Parlemen bahwa tidak melakukan apa-apa bukanlah solusi.
Salah satu argumen yang sering terdengar menentang persyaratan lingkungan yang lebih ketat di bidang pertanian adalah bahwa sektor agrikultur sudah banyak mengurangi pencemaran di berbagai bidang. Oleh karena itu, kaum kristen demokrat dari EVP bahkan berpendapat bahwa sementara waktu harus ada penghentian persyaratan lingkungan baru. Namun Komisi menunjukkan bahwa pencemaran nitrat sudah puluhan tahun tidak berkurang.
Tujuan utama dari RIE (yang dalam beberapa tahun mendatang mewajibkan sektor usaha menggunakan teknologi modern yang paling tersedia), juga mendapat banyak kritik. Hal ini akan berbeda jauh antara peternak babi kecil di Siprus dengan peternakan babi besar di Jerman atau Spanyol, seperti yang dikemukakan.
Bert-Jan Ruissen dari SGP Belanda menyampaikan kepada rekan-rekannya bahwa kebijakan lingkungan dalam pertanian mungkin harus diubah secara fundamental: UE tak lagi menetapkan alat atau teknik, tetapi menetapkan tujuan. Dan petani kemudian – dalam koridor hukum – mencari cara untuk mencapai tujuan tersebut sendiri. 'Namun itu berarti kita juga harus memasukkan kesejahteraan hewan, lingkungan, dan iklim dalam perhitungan tujuan itu,' ia memperingatkan.