Menurut organisasi pertanian tersebut, negosiator utama Spanyol César Luena (S&D) telah melampaui mandatnya dalam kesepakatan tersebut.
Dalam kesepakatan yang dicapai Kamis malam itu, pasal 9 yang kontroversial tentang ekosistem pertanian di dalam dan sekitar kawasan alam akhirnya dimasukkan kembali. Pasal tersebut sebelumnya telah dicabut bulan lalu oleh mayoritas tengah-kanan tipis di Parlemen Eropa. Atas desakan fraksi EVP/CDA, selama berbulan-bulan sudah berupaya agar pertanian sebisa mungkin dikeluarkan dari proposal alam tersebut.
Pasal 9 tersebut awalnya ada dalam bentuk yang lebih luas dalam proposal asli Komisaris Lingkungan Virginius Sinkevicius, namun kemudian didukung dalam bentuk yang dilemahkan oleh para Menteri Lingkungan UE. Faktanya, selama bulan-bulan sebelumnya proposal asli Komisi dikurangi secara signifikan, tetapi Kamis malam itu kembali diperkuat oleh para Komisioner dan menteri.
Menurut Copa-Cosega, fakta bahwa negosiator utama sosiodemokrat Spanyol Luena ikut berkontribusi pada hal tersebut harus membuat semua anggota Parlemen Eropa mempertimbangkan kembali posisi mereka. Hal ini dipandang sebagai seruan terselubung untuk menolak kesepakatan trilog akhir November nanti. Fraksi EVP/CDA menyatakan Jumat dalam reaksinya bahwa mereka "masih mempelajari teks kesepakatan".
Dalam kesepakatan itu disepakati bahwa biaya pemulihan alam tidak boleh dibayar dari anggaran kebijakan pertanian bersama, dan petani tidak boleh dipaksa untuk berpartisipasi dalam pemulihan alam. Selain itu, selama sepuluh tahun pertama aturan hanya akan berlaku di dalam kawasan Natura2000, bahkan jika terdapat fungsi pertanian di sana.
Untuk menentukan apakah alam pulih, dikembangkan tiga kriteria yang mana negara-negara UE boleh memilih dua di antaranya. Kriteria tersebut meliputi penghitungan kupu-kupu, elemen lanskap, dan karbon organik.
Dalam versi yang disesuaikan, atas rekomendasi Wakil Ketua EVP Esther de Lange, juga dimasukkan rem darurat untuk kasus jika pasokan pangan berpotensi terganggu. Keputusan tersebut tidak dibuat oleh negara-negara UE, melainkan oleh Komisi Eropa.