La selezione dei nuovi Commissari sarà un processo complesso, in cui Von der Leyen dovrà cercare un accordo sulla distribuzione dei commissariati. Questo accordo dovrà riguardare non solo le persone stesse, ma anche l'assegnazione di specifici portafogli e la rappresentanza equilibrata delle diverse forze politiche.
Anche se Von der Leyen ha la responsabilità finale, i primi ministri dei paesi membri dell'UE hanno in anticipo una grande influenza informale sulla ripartizione dei portafogli. Alla fine, il Parlamento Europeo deve approvare i Commissari proposti e la divisione dei compiti.
Una delle maggiori difficoltà per Von der Leyen è il suo impegno a creare una Commissione con equilibrio di genere. Nel 2019 riuscì a raggiungere per la prima volta una distribuzione equilibrata tra uomini e donne nella Commissione, ma ora sembra molto più difficile. Sebbene avesse chiesto agli Stati membri di proporre sia un candidato maschio che uno femmina, la maggior parte dei paesi ha presentato solo un candidato maschio. Questo rischia di compromettere l'equilibrio di genere.
I paesi che propongono la rielezione del loro attuale Commissario non sono stati tenuti a presentare un secondo candidato. Questo ha ulteriormente limitato il numero di donne proposte. Inoltre, diversi paesi hanno espresso preferenze forti per portafogli specifici, soprattutto nell'ambito economico-finanziario, complicando ulteriormente le trattative.
Un altro portafoglio che attira molta attenzione è quello dell'Agricoltura. Tradizionalmente questo portafoglio va a uno stato UE più piccolo ed è spesso considerato uno dei ruoli meno attraenti, ma svolge comunque un ruolo cruciale nella distribuzione dei sussidi e nella regolamentazione all'interno dell'UE.
Quest'anno sembra che il ministro lussemburghese Christophe Hansen, membro del Partito Popolare Europeo (PPE) di centrodestra, sia il candidato principale per questa posizione. Hansen è uno dei pochi ad aver espresso apertamente il suo interesse per questo incarico, il che lo rende una scelta probabile.