欧州委員会は、畜産業、家禽および豚肉産業による大気および土壌汚染に対して何らかの対策を講じる必要があるとの立場を変えていません。委員会のスポークスマンは、産業排出指令（RIE）の拡大に対する農業委員会の反対意見は過度に誇張されていると述べました。
ブリュッセルは今後、150頭以上の家畜を飼育する畜産業も対象に含めることを望んでおり、豚舎および家禽に関する基準も厳格化し、より多くの事業所が対象となるようにしようとしています。とはいえ欧州委員会は一部において妥協する用意があるとしています。委員会は、一方的に規制を課しているわけではなく、誰もが意見を述べる機会があったと反論しています。
欧州議会の環境委員会（ENVI）は、これらの分野でも「汚染者負担」の原則が適用されるべきだと同意しています。一方、農業委員会（AGRI）は現在の提案に反対しており、多くのEU加盟国政府も同様です。しかし緑の党は、今後の三者会談（トリローグ）で妥協案を提示すると述べています。
合同公聴会では欧州委員会のスポークスマンが、畜産業に関しては主に大規模農場に限定されること、全体の多くても約15％程度だと強調しました。しかしオランダのキリスト教民主同盟（CDA）所属のアニー・シュライヤー＝ピリックら複数の欧州議会議員は、畜産が盛んな国々では150頭という数が必ずしも大規模とは言えないと指摘しました。
さらにほぼ全てのAGRI委員は、指令名にある「産業的（インダストリアル）」という表現に違和感を示しました。三つの業種が大規模産業であるかのように受け取れるからです。委員会のスポークスマンは、このRIEの名称は長年使用されてきたものであり、現在は畜産業の一部にわずかに適用が拡大したに過ぎないと説明しました。また、委員会は何もせずに放置することが解決策ではないと、欧州議会議員に返答しました。
農業における環境基準強化の反対理由の一つに、農業分野で既に多くの汚染削減が達成されているという主張があります。欧州人民党（EVP）のキリスト教民主派は、当面は新たな環境規制を停止すべきだと考えています。しかし委員会は、硝酸塩汚染が数十年にわたり減少していないことを指摘しています。
また、RIEの主要目的である「数年後に業界が最も利用可能な先進技術を導入義務化する」という方針についても多くの批判があります。例えば、キプロスの小規模豚農家とドイツやスペインの大規模豚農家では状況が全く異なるとの指摘がありました。
オランダのキリスト教統一党（SGP）所属のバート＝ヤン・ルイッセン議員は、農業の環境政策は根本的に見直すべきで、EUが技術や手段を指定するのではなく、まず環境目標を設定し、農家自身がその目標達成のために方法を探すべきだと主張しました。「ただし、その際には動物福祉、環境、気候もその目標の計算に含める必要があります」と彼は警鐘を鳴らしました。