環境犯罪者への取り締まりも一層強化されます。環境犯罪を犯す個人や事業者にはこれから刑務所での服役が科され、その長さは環境被害の期間、深刻さ、回復可能性によって決まります。重罪の場合は最長8年の懲役刑が科され、死亡事故を伴う犯罪では将来的に10年の懲役が適用される見込みです。その他の犯罪には最長5年の懲役刑が適用されます。
更新された環境犯罪のリストには、不法な木材取引、船舶による汚染、化学物質のEU法違反などが含まれています。また、大規模な森林火災や大規模な大気、水、土壌の汚染などの「重罪」も含まれています。これらは生態系の破壊を引き起こし、いわゆるエコサイド（生態系破壊）に類似しています。ここで重要なのは、加害者および汚染者が自身の行為（または怠慢）が違法であることを認識しており、それにもかかわらず故意に行ったことが明確である必要がある点です。
共同交渉者のトワイン・マンダース（CDA）は、新EU指令が「動的」な性格を持ち、中間での修正や場合によっては過去に遡った対応も可能にすると述べています。彼は環境犯罪が非常に急速に進展し、新技術や新手法を常に利用していることを指摘しました。見た目は通常の企業活動でも、人や環境に害を及ぼす場合があり、その場合も刑事罰の対象となることがあります。
マンダースは「この越境犯罪に対して、EUレベルで調和のとれた抑止力のある制裁で対抗する時が来た」と述べました。「この合意により、汚染者に費用負担が求められます」。さらに、汚染企業の経営層だけでなく企業自体が責任を問われることが重要だと強調しました。「義務の導入により、許可や法の抜け穴に隠れる余地はなくなります」。
今後、EU加盟国は自国領土外で行われた犯罪の訴追をするかどうかを自ら決めることができます。つまり、第三国で損害を与えた環境犯罪者がEU加盟国によって訴追される可能性もあります。また、EU加盟国は警察官、裁判官、検察官のための専門教育を実施する必要があります。