De kern van de door de Europese Commissie voorgestelde regeling is de indeling van NGT-technieken in twee categorieën. Planten en natuurlijke voedsel waarvan de genetische verandering ook door natuurlijke mutatie kan ontstaan, worden niet langer ingedeeld als genetisch gemodificeerd voedsel. Alle andere NGT-planten moeten echter nog steeds onder de regels voor genetisch gemodificeerde organismen vallen.
Maar het nu bereikte standpunt van de EU-landen maakt nog geen keus om enkele heikele punten op te lossen, zoals het opnemen van een ‘meldingsplicht’ op etiketten als voedsel met GMO-techniek is bewerkt. Die keus ontwijken de EU-landen door de mogelijkheid van een opt-out in te bouwen, waarbij het toelaten van sommige nieuwe technieken aan de landen zelf wordt overgelaten.
Het compromis van de Raad staat de EU-landen toe de teelt van NGT-planten van de tweede categorie op hun grondgebied te verbieden. Ze kunnen ook maatregelen nemen om de verspreiding van deze planten te voorkomen, zowel binnen hun eigen grenzen als over de grenzen heen. Duitsland is het met zo’n uitzonderingsregel niet eens.
Kritiek op het nu ingenomen standpunt van een meerderheid van de EU-landen komt onder meer van Groene Europarlementariërs in het Europees Parlement. De Duitser Martin Häusling omschreef het voorstel als ‘radicale deregulering’ en bekritiseerde het ontbreken van eisen op het gebied van etikettering, traceerbaarheid en aansprakelijkheid.
Met het onderhandelingsmandaat van de EU-landen kunnen nu de triloogonderhandelingen met het Europees Parlement en de Europese Commissie beginnen. Pas als er overeenstemming is bereikt tussen de drie instellingen, kan de verordening worden aangenomen en in werking treden.
Het Europees Parlement pleitte eerder al voor strengere regelgeving, met name op het gebied van etikettering en octrooirecht. Vooral biologische landbouw en GMO-vrije productiesystemen lopen risico. Het huidige Commissievoorstel schaft de regels af voor het naast elkaar bestaan ​​van biologische en gangbare landbouw met genetische manipulatie.