De belangrijkste vervuilingsbronnen zijn meststoffen en chemische stoffen uit de landbouw, die het water vervuilen met nutriënten zoals stikstof en fosfor, wat leidt tot eutrofiëring. Daarnaast draagt industrieel afvalwater bij aan de chemische vervuiling van rivieren, meren en kustwateren​.
Ook structurele veranderingen in de waterwegen, zoals dammen en kanalisering, hebben bijgedragen aan de ecologische achteruitgang​, zo blijkt uit een nieuw rapport van het EU-Milieuagentschap.
Oppervlaktewateren worden cruciaal genoemd voor de handhaving van biodiversiteit, maar in veel regio's in Noordwest-Europa (waaronder België, Nederland en Duitsland), wordt de kwaliteit van meer dan 90% van de waterlichamen als matig, slecht of zeer slecht omschreven.
De op handen zijnde herziening van de EU-richtlijnen voor bodemvervuiling en de aanpak van het uitspoelen van chemische stoffen is daarom van cruciaal belang. Deze herziening van de kaderrichtlijn moet niet alleen de waterkwaliteit verbeteren, maar ook de gezondheid van ecosystemen herstellen.
Naast de bedreigende vervuiling van oppervlaktewater moet Europa ook al rekening houden met klimaatverandering, waardoor de waterzekerheid verder onder druk staat. Stijgende temperaturen, veranderende neerslagpatronen en plantaardige droogteperioden leiden tot een toename van waterstress in verschillende regio's, vooral in Zuid-Europa. Waterlichamen zoals rivieren en meren raken daar sneller vervuild, wat de waterkwaliteit verder aantast​.