De belangrijkste vervuilingsbronnen zijn meststoffen en chemische stoffen uit de landbouw, die het water vervuilen met nutriënten zoals stikstof en fosfor, wat leidt tot eutrofiëring. Daarnaast draagt industrieel afvalwater bij aan de chemische vervuiling van rivieren, meren en kustwateren​.
Ook structurele veranderingen in de waterwegen, zoals dammen en kanalisering, hebben bijgedragen aan de ecologische achteruitgang​, zo blijkt uit een nieuw rapport van het EU-Milieuagentschap.
Oppervlaktewateren worden cruciaal genoemd voor de handhaving van biodiversiteit, maar in veel regio's in Noordwest-Europa (waaronder België, Nederland en Duitsland), wordt de kwaliteit van meer dan 90% van de waterlichamen als matig, slecht of zeer slecht omschreven.

