Volgens de rechtbank mócht de minister op grond van de Europese wetgeving geen economische overwegingen laten meewegen (zoals de boeren hadden geëist), maar alleen ecologische en natuurkundige. De rechtbank oordeelt dat de habitats al bij de invoering van de Natura2000-wetgeving zijn opgenomen, maar dat hun natuurlijke status de afgelopen jaren kan zijn verslechterd.
In dat geval zou de overheid zelfs door de EU in gebreke kunnen worden gesteld als het zogeheten verslechteringsverbod zou worden overtreden, en de minister daar niets tegen zou doen.
Tegen het besluit van de minister waren in heel Nederland veel beroepen ingediend bij verscheidene rechtbanken. De rechtbank in Arnhem behandelde mediuo maart ongeveer 70 zaken op meerdere zittingen. De meeste beroepen waren ingediend door boerenbedrijven die bang zijn voor de gevolgen van de actualisering. Ook de Vereniging Leefmilieu diende een reactie in om te voorkomen dat de bescherming van de Natura 2000-gebieden zou worden teruggedraaid.
De rechtbank zegt in het vonnis te beseffen dat de (boeren)bedrijven zich zorgen maken over de invloed van dit besluit op hun bedrijven. Veel van hen zeggen niet van tevoren hebben beseft dat de aanwijzing van de Natura 2000‑gebieden zoveel impact zou hebben.
Verder voelen de boerenbedrijven momenteel een enorme druk van de stikstofproblematiek en vinden zij het onredelijk dat vooral de agrarische sector hier de dupe van lijkt te worden. Het omstreden wijzigingsbesluit is daar een goed voorbeeld van, omdat nu blijkt dat eerder aangewezen Natura 2000-gebieden achteraf kunnen worden aangepast.
In het uiteindelijke vonnis laat de rechtbank het regeringsbesluit in stand. Dat komt omdat de minister vanuit het Europese recht verplicht is om te zorgen dat (de bescherming van) leefgebieden en soorten in Natura 2000-gebieden klopt. Als op basis van actuele ecologische gegevens blijkt dat soorten of leefgebieden niet zijn opgenomen, is de minister verplicht om die eerdere aanwijzing te corrigeren.
Wat de minister wel eerder had moeten doen, is de habitattypenkaarten ter inzage leggen. Dat heeft de minister niet gedaan. Toch maakt dit de uitkomst van de zaken niet anders, omdat de habitattypenkaarten in de beroepszaken alsnog beschikbaar waren, zodat de boeren daar ruim een jaar op hebben kunnen reageren. Veel van de (boeren)bedrijven hebben dat niet gedaan.