I følge landbruksorganisasjonen har den spanske hovedforhandleren César Luena (S&D) gått utenfor sitt forhandlingsmandat med avtalen.
I den nattlige avtalen som ble inngått torsdag, er den kontroversielle artikkel 9 om landbruksøkosystemer i og nær naturområder likevel inkludert. Denne artikkelen ble i forrige måned strøket av et knapt sentrum-høyre flertall i Europaparlamentet. På foranledning av EPP/CDA-gruppen ble det i flere måneder forsøkt å holde landbruket mest mulig utenfor naturforslaget.
Artikkel 9 var i en enda større form med i det opprinnelige forslaget fra miljøkommissær Virginius Sinkevicius, men ble senere støttet i en svekket form av EUs miljøministre. I realiteten har det opprinnelige kommisjonsforslaget blitt betydelig svekket de siste månedene, men ble natt til torsdag styrket igjen av kommissærer og ministre.
Det at den spanske, sosialdemokratiske hovedforhandleren Luena har medvirket til dette, bør ifølge Copa-Cosega føre til at alle europaparlamentarikere nå må revurdere situasjonen. Dette blir sett på som en skjult oppfordring til å forkaste trilog-avtalen i slutten av november. EPP/CDA-gruppen svarte fredag at de «fortsatt skal studere teksten i avtalen».
I avtalen er det imidlertid avtalt at kostnadene for naturrestaurering ikke skal betales fra budsjettet til det felles landbrukspolitikk, og at bønder ikke skal tvinges til å bidra til naturrestaurering. De første ti årene vil reglene også bare gjelde innenfor Natura 2000-områdene, selv om det finnes landbruksfunksjoner der.
For å kunne avgjøre om naturen blir restaurert, utvikles tre kriterier hvor EU-landene kan velge to. Dette gjelder sommerfugltellinger, landskapselementer og organisk karbon.
I den justerte versjonen, på initiativ fra EPPs visepresident Esther de Lange, er det også innført en nødknapp i tilfelle matforsyningen skulle komme i fare. EU-landene avgjør ikke dette selv, men Europakommisjonen gjør det.