Den europeiske kommisjonen ønsket opprinnelig å inkludere nesten all husdyrproduksjon, mens landbrukskomiteen i Europaparlamentet ville holde husdyrholdet helt utenfor. I den nå inngåtte trilogavtalen har forhandlerne sterkt økt terskelverdiene for husdyrbruk.
Reglene vil gjelde for landbruksbedrifter fra 350 store dyreenheter for svin, 280 for fjærfe (300 for verpehøns) og 380 for blandede bedrifter. Ekstensivt jordbruk og små husdyrhold for husholdningsbruk holdes foreløpig utenfor.
De nye reglene innføres gradvis, først fra 2030. Innen 2026 skal den (nye) europeiske kommisjon vurdere hvordan forurensning av luft og grunnvann fra husdyrhold og landbruksproduksjon best kan håndteres, særlig med tanke på storfehold.
De nye reglene innebærer også at forurensende bedrifter må føre et offentlig register over hvilke råvarer de behandler og hvor mye avfall og forurensning de slipper ut i miljøet gjennom sin virksomhet. Naboer kan da også fremme erstatningskrav. Denne ordningen må hvert EU-land innarbeide i sin egen lovgivning. Bøtene må også økes betydelig i mange medlemsland.
Politikere i Brussel har i flere år forsøkt å bekjempe forurensning fra landbruket periodisk. Med miljø- og klimareglene i Green Deal og det nye landbrukspolitikken er det gjort en kraftig start, men nylig har denne grønnere kursen vært under press.
Landbrukssektoren er den tredje største utslippskilden av klimagasser i EU, men kan bli den største forurenseren etter hvert som andre industrier raskere blir «renere».
Ifølge Det europeiske miljøbyrået har utslippene fra landbruket sunket med bare 3 prosent mellom 2005 og 2021. Dette kan sammenlignes med en reduksjon på 7,6 prosent i transportsektoren og en nedgang på 31 prosent i utslipp fra boliger og bygninger.