Utvelgelsen av de nye kommissærene blir en komplisert prosess, hvor Von der Leyen må forsøke å finne enighet om fordelingen av kommissærpostene. Denne enigheten må ikke bare gjelde personene, men også fordelingen av spesifikke porteføljer og en balansert representasjon av ulike politiske partier.
Selv om Von der Leyen har det endelige ansvaret, har statsministrene i EU-landene i forkant stor uformell innflytelse på fordelingen av porteføljer. Til slutt må Europaparlamentet godkjenne de foreslåtte kommissærene og ansvarsfordelingen.
Et av de største hindrene for Von der Leyen er hennes mål om en kjønnsbalansert kommisjon. I 2019 lyktes hun med å oppnå en balansert fordeling mellom menn og kvinner i kommisjonen for første gang, men nå ser det ut til å bli vanskeligere. Selv om hun ba medlemslandene om å nominere både en mannlig og en kvinnelig kandidat, har de fleste land bare levert inn én mannlig kandidat. Dette truer kjønnsbalansen.

