Disse subsidiene, som årlig utgjør flere hundre millioner euro, er ment å støtte interesseorganisasjoner og organisasjoner i å gjøre nye EU-politikkplaner kjent og gi råd om dem. Slike organisasjoner finnes ikke bare innen natur og miljø, men for eksempel også innen helse, kollektivtransport, menneskerettigheter og sosiale spørsmål.
Slike organisasjoner har ofte kritikk av EU-planer, men blir på grunn av sin ekspertise - med EU-støtte - invitert til europeiske møter. Bøndervenlige EU-politikere hevder at miljøorganisasjoners kritikk av landbrukspolitikken er urettferdig og skadelig for den landbruksmessige sektoren.
Europarlamentarikerne er splittet i saken. Noen mener at subsidier er nødvendige for å fremme demokratisk deltakelse og for å representere et bredt spekter av synspunkter. Andre parlamentarikerne går inn for strengere regler for å forhindre at EU-subsidier brukes til ensidige kampanjer.
I Europaparlamentet er det særlig tyske EVP-kristendemokrater som i flere år har protestert mot dette. Ifølge dem bruker noen miljøorganisasjoner EU-midler til å føre kampanjer som fremstiller bønder i et negativt lys. Den bayerske EVP-politikeren Monika Hohlmeier (medlem av budsjettkontrollkomiteen) kritiserte at Brussel subsidierer «anti-agri-aksjoner».
Andre EU-politikere påpekte da at fru Hohlmeier selv er på lønningslisten til det tyske landbruksselskapet Baywa med 75 000 euro i året som biinntekt, og dermed er en del av agro-lobbyen i EU. Tidligere protesterte Hohlmeier og andre sterkt da Brussel ønsket å kutte noen millioner euro på budsjettet på flere hundre millioner til reklame for kjøttspising.
Denne gangen sluttet også den nye nederlandske BBB-delegasjonen i Europaparlamentet seg til Telegraaf-kampanjen mot tidligere kommissær Frans Timmermans, og til agro-lobbyens kritikk av miljøorganisasjonenes protestaksjoner. Kritikken av subsidieoppsettet på mange politikkområder snevres da inn til anklagen om at Timmermans hemmelig skulle ha gitt EU-millioner til miljøorganisasjoner for å motarbeide bønder.
Miljøorganisasjonene forsvarer sitt arbeid ved å understreke at deres kritikk er basert på vitenskapelig forskning. De hevder at mange former for intensivt jordbruk er skadelig for biologisk mangfold og bidrar til klimaendringer. Disse organisasjonene fremhever at deres arbeid er essensielt for å kunne føre en balansert debatt om bærekraftig politikk.