Komisja Europejska podtrzymuje, że coś należy zrobić w sprawie zanieczyszczenia powietrza i gleby przez hodowlę zwierząt, przemysł drobiarski i trzody chlewnej. Rzecznik Komisji stwierdził, że zastrzeżenia Komisji Rolnictwa wobec rozszerzenia Dyrektywy o Emisjach Przemysłowych (RIE) są znacznie przesadzone.
Bruksela chce, aby hodowla od 150 sztuk zwierząt również podlegała tym regulacjom, a kryteria dla hodowli trzody chlewnej i drobiu zostały zaostrzone, by objąć większą liczbę gospodarstw. Komisja Europejska jest jednak gotowa zawrzeć kompromisy w niektórych kwestiach. Przedstawiciele Komisji zaprzeczają, jakoby miały zostać narzucone jakieś przepisy – każdy miał możliwość wyrażenia swojego zdania.
Komisja ENVI ds. środowiska Parlamentu Europejskiego zgadza się, że również w tych sektorach obowiązuje zasada „kto zanieczyszcza, ten płaci”. Komisja AGRI ds. rolnictwa sprzeciwia się obecnym propozycjom (podobnie jak wiele rządów UE), ale Zieloni zapowiadają, że w nadchodzących rozmowach trialogowych zaproponują teksty kompromisowe.
Podczas wspólnego przesłuchania rzecznik Komisji Europejskiej podkreślił, że chodzi wyłącznie o bardzo duże gospodarstwa hodowlane; maksymalnie około piętnastu procent. Jednak kilku europosłów, w tym Holender z CDA, Annie Schreijer-Pierik, zwróciło uwagę, że w niektórych krajach z dużą hodowlą zwierząt 150 sztuk wcale nie oznacza tak dużego gospodarstwa.
Praktycznie wszyscy członkowie komisji AGRI mieli też zastrzeżenia co do określenia „przemysłowe” w nazwie dyrektywy, jakoby te trzy sektory stanowiły wielkie przemysły. Rzecznik Komisji mógł jedynie zauważyć, że nazwa dyrektywy RIE istnieje od wielu lat i obecnie obejmuje ona trochę większy zakres hodowli zwierząt. Ponadto Komisja niemal przekazała piłeczkę europosłom, zaznaczając, że brak działania nie jest rozwiązaniem.
Jednym z często powtarzanych argumentów przeciwko zaostrzeniu wymogów środowiskowych w rolnictwie jest to, że sektor rolniczy na wielu polach już znacznie ograniczył zanieczyszczenie. Chrześcijańscy Demokraci z EPP uważają nawet, że na razie należy wstrzymać wprowadzanie nowych wymogów środowiskowych. Komisja zwraca jednak uwagę, że zanieczyszczenie azotanami nie jest redukowane od dziesięcioleci.
Główny cel dyrektywy RIE (która za kilka lat nakazuje branży stosować najbardziej dostępne nowoczesne technologie), spotyka się także z wieloma krytykami. Zauważono, że dla małego hodowcy trzody na Cyprze będzie to zupełnie co innego niż dla dużych hodowli w Niemczech czy Hiszpanii.
Holenderski poseł SGP, Bert-Jan Ruissen, zwrócił kolegom uwagę, że polityka środowiskowa w rolnictwie być może powinna zostać całkowicie zmieniona: UE powinna przestać narzucać środek, technikę, a wskazywać cel. Rolnik zaś – w granicach prawa – sam szukałby sposobów na osiągnięcie tego celu. „Oznacza to jednak, że musimy wtedy w kalkulacje tych celów włączyć dobrostan zwierząt, środowisko i klimat” – ostrzegł.