Według organizacji rolniczej hiszpański główny negocjator César Luena (S&D) przekroczył swoje uprawnienia negocjacyjne w trakcie zawierania porozumienia.
W porozumieniu zawartym w czwartek w nocy uwzględniono kontrowersyjny artykuł 9 dotyczący ekosystemów rolniczych w obszarach przyrody i wokół nich. Artykuł ten został poprzednio w zeszłym miesiącu usunięty przez wąską większość centroprawicową Parlamentu Europejskiego. Na nacisk frakcji EPL/CDA przez wiele miesięcy starano się wyłączyć rolnictwo jak najbardziej z propozycji dotyczącej przyrody.
Artykuł 9 był nawet obszerniejszy w pierwotnej propozycji komisarza ds. środowiska Virginiusa Sinkeviciusa, ale później w złagodzonej formie otrzymał wsparcie ministrów środowiska UE. W praktyce pierwotna propozycja Komisji została w ostatnich miesiącach znacznie osłabiona, lecz w czwartek w nocy została ponownie wzmocniona przez komisarzy i ministrów.
Zgodnie z Copa-Cosega fakt, że hiszpański socjaldemokratyczny główny negocjator Luena współpracował przy tym, powinien skłonić wszystkich europosłów do ponownego przemyślenia sprawy. Jest to postrzegane jako zakamuflowany apel, by pod koniec listopada odrzucić porozumienie trialogowe. Frakcja EPL/CDA w piątek w reakcji poinformowała, że „wciąż analizuje tekst porozumienia”.
W porozumieniu uzgodniono jednak, że koszty odbudowy przyrody nie mogą być pokrywane z budżetu wspólnej polityki rolnej, oraz że rolnicy nie mogą być zmuszani do współpracy przy odbudowie przyrody. Ponadto pierwsze dziesięć lat przepisy będą obowiązywać jedynie na obszarach Natura 2000, nawet jeśli znajdują się tam funkcje rolnicze.
Aby móc ocenić, czy przyroda się odbudowuje, opracowywane są trzy kryteria, z których państwa UE mogą zastosować dwa. Są to liczenie motyli, elementy krajobrazu oraz zawartość węgla organicznego.
W zmienionej wersji, z inicjatywy wiceprzewodniczącej EPL Esther de Lange, wprowadzono również hamulec bezpieczeństwa na wypadek zagrożenia dostaw żywności. Decyzję o jego zastosowaniu podejmuje Komisja Europejska, a nie same kraje UE.