De acordo com a organização agrícola, o principal negociador espanhol César Luena (S&D) ultrapassou seu mandato de negociação com o acordo.
No acordo fechado na madrugada de quinta-feira, o polêmico artigo 9 referente aos ecossistemas agrícolas dentro e nas proximidades de áreas naturais foi incluído. Esse artigo havia sido removido no mês passado por uma estreita maioria de centro-direita no Parlamento Europeu. Sob pressão do grupo PPE/CDA, tentou-se por meses manter a agricultura o mais fora possível da proposta da natureza.
O artigo 9 estava presente de forma ainda mais ampla na proposta original do Comissário do Meio Ambiente Virginius Sinkevicius, mas foi posteriormente apoiado de forma atenuada pelos Ministros do Meio Ambiente da UE. Na prática, a proposta original da Comissão foi bastante enfraquecida nos últimos meses, mas foi novamente reforçada na madrugada de quinta-feira por Comissários e ministros.
O fato de o principal negociador social-democrata espanhol Luena ter colaborado com isso, segundo Copa-Cosega, deveria levar todos os eurodeputados a reconsiderar agora. Isso é visto como um chamado disfarçado para rejeitar o acordo do trilo no final de novembro. O grupo PPE/CDA respondeu na sexta-feira que "ainda vai estudar o texto do acordo".
No acordo, foi acertado que os custos para a restauração da natureza não poderão ser pagos com o orçamento da política agrícola comum, e que os agricultores não poderão ser forçados a colaborar com a restauração da natureza. Além disso, durante os primeiros dez anos, as regras valerão apenas dentro das áreas Natura2000, mesmo que essas áreas incluam funções agrícolas.
Para avaliar se a natureza está se recuperando, serão desenvolvidos três critérios, dos quais os países da UE poderão adotar dois. Esses critérios incluem contagem de borboletas, elementos paisagísticos e carbono orgânico.
Na versão ajustada, a pedido da vice-presidente do PPE Esther de Lange, também foi incorporado um freio de emergência para o caso de a segurança alimentar estar em risco. A decisão sobre isso não será tomada pelos países da UE, mas pela Comissão Europeia.