Selectarea noilor Comisari va fi un proces complicat, în care Von der Leyen trebuie să încerce să găsească un acord privind distribuirea portofoliilor comisarilor. Acest acord trebuie să vizeze nu doar persoanele în sine, ci și alocarea portofoliilor specifice și reprezentarea echilibrată a diferitelor partide politice.
Deși Von der Leyen poartă responsabilitatea finală, prim-miniștrii țărilor UE au în prealabil o mare influență informală asupra distribuției portofoliilor. În cele din urmă, Parlamentul European trebuie să aprobe comisarii propuși și împărțirea atribuțiilor.
Unul dintre cele mai mari obstacole pentru Von der Leyen este efortul său de a avea o Comisie echilibrată din punct de vedere al genului. În 2019 a reușit pentru prima dată să realizeze un echilibru între bărbați și femei în Comisie, dar acum acest lucru pare mult mai dificil. Deși a cerut statelor membre să propună atât un candidat masculin, cât și unul feminin, majoritatea țărilor au depus doar un candidat masculin. Astfel, echilibrul de gen riscă să fie afectat.