Отбор новых комиссаров станет сложным процессом, в ходе которого Фон дер Ляйен предстоит попытаться найти согласие по распределению комиссариатов. Это соглашение должно касаться не только самих лиц, но и распределения конкретных портфелей и сбалансированного представительства различных политических партий.
Хотя окончательную ответственность несёт Фон дер Ляйен, премьеры стран ЕС на предварительном этапе имеют большое неформальное влияние на распределение портфелей. В конечном итоге Европейский парламент должен одобрить предложенных комиссаров и расклад задач.
Одним из главных препятствий для Фон дер Ляйен является её стремление к гендерно сбалансированной Комиссии. В 2019 году ей удалось впервые добиться равновесия между мужчинами и женщинами в Комиссии, но теперь это стало гораздо сложнее. Хотя она просила государства-члены выдвинуть как мужских, так и женских кандидатов, большинство стран выдвинули лишь одного — мужчину. Это грозит нарушить гендерный баланс.

