Izbor novih komisarjev bo zapleten proces, v katerem mora Von der Leyen poskušati doseči soglasje o razdelitvi komisariatov. To soglasje ne sme zajemati le posameznikov, temveč tudi dodelitev specifičnih portfeljev in uravnoteženo zastopanje različnih političnih strank.
Čeprav je Von der Leyen zadolžena za končno odgovornost, imajo predsedniki vlad držav članic EU predhodno velik neformalen vpliv na razdelitev portfeljev. Na koncu mora Evropski parlament odobriti predlagane komisarje in razdelitev nalog.
Eden največjih izzivov za Von der Leyen je njena prizadevanja za spolno uravnoteženo komisijo. Leta 2019 ji je prvič uspelo vzpostaviti uravnotežen razmerje med moškimi in ženskami v komisiji, a zdaj je to videti precej težje. Čeprav je članice prosila, naj predlagajo tako moškega kot žensko kandidatko, je večina držav predložila le moške kandidate. Zaradi tega je spolna uravnoteženost ogrožena.
Države, ki so ponovno predlagale svojega sedanjega komisarja, niso morale predložiti drugega kandidata. Zaradi tega je število predlaganih žensk še bolj omejeno. Poleg tega je nekaj držav izrazilo močne preference za določene portfelje, predvsem na področju gospodarsko-finančnih zadev, kar še dodatno zapleta pogajanja.
Drugi portfelj, ki prejema veliko pozornosti, je kmetijstvo. Ta portfelj običajno pripade manjšim državam EU in se pogosto šteje za manj privlačno mesto, a kljub temu ima ključno vlogo pri razporejanju subvencij in predpisov znotraj EU.
Letos je glavni kandidat za to mesto luksemburški minister Christophe Hansen, član sredinsko desne Evropske ljudske stranke (EVP). Hansen je eden redkih, ki je javno izrazil interes za to funkcijo, kar ga naredi za verjetno izbiro.