Evropski parlament meni, da češki premier Babiš na sejah EU ne bi smel več odločati o proračunih in subvencijah, dokler njegova lastna kmetijska podjetja prejemajo desetine milijonov evrov kmetijskih subvencij EU. To pomeni, da je vodja češke vlade nekako postavljen pod skrbništvo.
Že več kot eno leto poteka evropska preiskava načina, kako se EU-subvencije na Češkem predvsem zbirajo v podjetjih Babiša in njegovih poslovnih partnerjev. Evropski parlament vztraja, da se o tem vzpostavi javni črni seznam goljufov in zlorabiteljev. V zadnjih letih so žvižgači in preiskovalci proti goljufijam razkrili številne zlorabe EU-sredstev. Da bi zlorabe bolje obvladovali, je v petek sprejeta odločitev o ustanovitvi polnopravne samostojne parlamentarno komisije za davčne plačila.
V resoluciji, sprejeti v petek z 510 glasovi za, 53 proti in 101 vzdržanim, Evropski parlament izraža obžalovanje, da češki premier ostaja aktivno vpleten v proračun EU, hkrati pa še vedno nadzira "Agrofert", enega največjih prejemnikov EU-subvencij na Češkem.
Čeprav preiskava EU še poteka, člani EP vztrajajo, da morajo sumljive politične osebe izbrati med tremi možnostmi. Lahko se odrečejo svojim poslovnim interesom, ne zaprosijo za financiranje EU ali pa se vzdržijo odločitev, ki bi vplivale na njihove interese, tudi z odstopom. Evropski poslanci pozivajo Evropsko komisijo, naj pripravi strožje predpise, na primer omejitev najvišjega zneska na osebo, ter objavljanje imen prejemnikov.
Evropski parlament prav tako obsoja način, na katerega se premier Babiš skupaj s strankarskimi funkcionarji obnaša do čeških evropskih poslancev, ki so se lani udeležili preiskovalne misije o prijavljenih nepravilnostih pri upravljanju sredstev EU. Ti so bili bolj ali manj ogroženi.
Formalna preiskava Evropske komisije glede konfliktov interesov češkega premierja poteka od januarja 2019. Konec lanskega leta je bilo zastavljeno izplačevanje vseh sredstev iz proračuna EU podjetjem premierja Babiša. Decembra 2019 je češki generalni tožilec znova odprl preiskavo zlorabe sredstev EU v enem od podprojektov skupine Agrofert, "Stork nest". Preiskava je bila prvotno sprožena na podlagi poročila evropske tatvine OLAF.
Agrofert je konglomerat več kot 230 podjetij z več kot 34.000 zaposlenimi. Premier Babiš je skupino Agrofert ustanovil in je po poročanju še vedno končni upravičenec. Skupina je bila eden največjih prejemnikov subvencij EU: evropski poslanci pravijo, da je skupina samo za leto 2018 prejela približno 36,5 milijona evrov kmetijskih subvencij in še dodatnih 16 milijonov evrov iz Kohezijskega sklada. Trenutno nobena zakonodaja EU ne zahteva, da država članica razkrije končne prejemnike EU-subvencij.