Konsultationen är ett föregående steg inför omprövningen av den nuvarande riktlinjen. Bryssel vill veta om den nuvarande metoden fortfarande passar inom ramen för den europeiska gröna given och den nya klimat- och miljöpolitiken.
Framför allt genom användningen av kemiska bekämpningsmedel inom jord- och trädgårdsbruk samt genom utspridning av djurgödsel på gräsmarker ökar nitratföroreningarna i grundvattnet på många platser inom EU.
"Nitratriktlinjen skyddar grundvatten, floder, sjöar och hav från föroreningar orsakade av nitrater. Den sätter gränser för användningen av konstgödsel och främjar införandet av goda jordbruks- och miljömetoder", betonade Europeiska kommissionen.
EU har i flera medlemsländer, däribland Tyskland, Nederländerna och Irland, återkallat tidigare lättnader (undantag) för kväveanvändning eftersom dessa länder ännu inte har förbättrat kvaliteten på sitt grundvatten.
Bryssel påpekar också att man är bunden av andra internationella avtal som Kunming-Montreal Global Biodiversity Framework för att "globalt minska näringsförluster med 50 % till 2030".
Baserat på nitratriktlinjen är EU-medlemsstaterna skyldiga att utföra flera åtgärder, inklusive att genomföra fler vattenkvalitetsundersökningar och utse områden som är särskilt känsliga för nitratföroreningar.
Nitratriktlinjen stöder även implementeringen av ramdirektivet för vatten, som "strävar efter att alla europeiska ytvatten ska ha uppnått "god status" år 2027.