Avgången av Kowalczyk meddelades i Warszawa under tiden som Ukrainas president Zelensky besökte landet. Genomfarten är en kontroversiell fråga i Polen, eftersom den skulle undergräva den polska spannmålshandeln. EU:s siffror motsäger detta och säger att största delen av spannmålet faktiskt transporteras vidare.
Även andra grannländer klagar över störningar på deras marknader eftersom EU har avskaffat tullarna på nästan alla ukrainska jordbruksprodukter. Förra veckan skrev premiärministrarna för fem EU-länder ett protestbrev till ordförande Ursula von der Leyen i Europeiska kommissionen om detta.
Under de senaste månaderna har bönder i Polen organiserat massiva protester där de bland annat blockerat vägar. Protesterna har pågått i över ett år och riktade sig inledningsvis främst mot landsbygdspolitiken från det konservativa PiS-partiet. Partiet vill sanera och modernisera det polska jordbruket för att kunna uppfylla EU:s krav för jordbrukssubventioner under gemensamma jordbrukspolitiken (GLB).
Därtill har afrikansk svinpest nästan helt slagit ut den polska köttförädlingsindustrin. Det har tidigare lett till att en polsk jordbruksminister avgått.
Problemen med spannmålsimporterna och de fortsatta bondeprotesterna kommer vid en tidpunkt då Polen förbereder sig inför parlamentsval senare i år. Många polska bönder är missnöjda med saneringen och moderniseringen av jordbruket, som de senaste åren genomförts för att uppfylla EU:s krav för jordbrukssubventioner.
Delvis av denna anledning har en omfattande radikal bondegrupp bildats i Polen. Denna grupp anser att moderniseringen sker på bekostnad av traditionella polska jordbruksmetoder och sektorns lokala karaktär.
Det styrande PiS-partiet har upprepade gånger lovat att skydda polska bönder från orättvis konkurrens och försöker begränsa konsekvenserna av EU-regler så mycket som möjligt. Därför lovade jordbruksminister Kowalczyk bönderna att han skulle sätta press på Bryssel för att få ett undantag för Polen. Det gjorde Bryssel inte.