Theo tổ chức đại diện nông nghiệp, trưởng đoàn đàm phán Tây Ban Nha César Luena (S&D) đã vượt quá ủy quyền đàm phán với thỏa thuận này.
Trong thỏa thuận được ký đêm thứ Năm, điều khoản gây tranh cãi số 9 liên quan đến hệ sinh thái nông nghiệp trong và gần các khu vực thiên nhiên đã được đưa vào. Điều khoản này từng bị Nghị viện châu Âu loại bỏ tháng trước với số phiếu sít sao thuộc phe trung hữu. Dưới sự thúc đẩy của nhóm EVP/CDA, đã có nhiều tháng nỗ lực giữ nông nghiệp càng xa các đề xuất bảo vệ thiên nhiên càng tốt.
Điều khoản số 9 này từng có quy mô lớn hơn trong đề xuất gốc của Ủy viên Môi trường Virginius Sinkevicius, nhưng sau đó đã được các Bộ trưởng Môi trường EU hỗ trợ trong phiên bản được làm giảm bớt. Thực tế, trong nhiều tháng qua, đề xuất gốc của Ủy ban đã bị làm giảm đáng kể, nhưng đêm thứ Năm vừa qua, các Ủy viên và Bộ trưởng lại đưa nó trở lại mức cao hơn.
Theo Copa-Cosega, việc trưởng đoàn đàm phán xã hội dân chủ Tây Ban Nha Luena đồng ý với điều này nên khiến tất cả các nghị sĩ châu Âu phải xem xét lại. Điều này được coi là một lời kêu gọi gián tiếp để từ chối thỏa thuận tam phương vào cuối tháng 11. Nhóm EVP/CDA trong phản hồi ngày thứ Sáu cho biết họ "vẫn đang nghiên cứu văn bản thỏa thuận".
Trong thỏa thuận cũng đồng ý rằng chi phí phục hồi thiên nhiên không được chi từ ngân sách chính sách nông nghiệp chung, và không được bắt buộc nông dân phải phối hợp phục hồi thiên nhiên. Cũng trong mười năm đầu, các quy định chỉ áp dụng trong các khu vực Natura2000, dù có các hoạt động nông nghiệp bên trong.
Để đánh giá xem thiên nhiên có phục hồi hay không, ba tiêu chí được phát triển mà các quốc gia EU được chọn áp dụng hai trong số đó. Các tiêu chí bao gồm đếm bướm, các yếu tố cảnh quan và cacbon hữu cơ.
Trong phiên bản sửa đổi, theo đề xuất của Phó Chủ tịch EVP Esther de Lange, cũng đã thiết lập một nút dừng khẩn cấp trong trường hợp chuỗi cung ứng thực phẩm có thể gặp rủi ro. Quyết định về việc này không do các quốc gia EU tự chi phối mà thuộc thẩm quyền của Ủy ban châu Âu.