Cuộc chiến chống tội phạm môi trường cũng sẽ được tăng cường hơn nữa. Những cá nhân hoặc doanh nghiệp phạm các hành vi vi phạm pháp luật về môi trường sẽ bị áp đặt án tù. Thời gian tù sẽ phụ thuộc vào mức độ kéo dài, nghiêm trọng hoặc không thể đảo ngược của thiệt hại môi trường. Đối với các tội phạm đặc biệt nghiêm trọng, mức án có thể lên đến tám năm tù và các hành vi phạm tội dẫn đến tử vong sẽ bị phạt tù đến mười năm trong tương lai. Đối với các tội phạm khác, hình phạt tối đa sẽ là năm năm tù.
Danh sách tội phạm môi trường được cập nhật gồm có buôn bán gỗ bất hợp pháp, ô nhiễm do tàu thuyền và vi phạm các quy định của EU về hóa chất. Cũng bao gồm các 'tội phạm đặc biệt', như các vụ cháy rừng lớn hoặc ô nhiễm nghiêm trọng không khí, nước và đất đai. Điều này dẫn đến sự hủy hoại các hệ sinh thái, tương tự như tội phạm hủy diệt môi trường (ecocide). Tuy nhiên cần làm rõ rằng những kẻ phạm tội/phát tán chất độc hại phải biết hành động (hoặc sự cẩu thả) của họ là phạm pháp, và họ vẫn thực hiện nó một cách có chủ ý.
Theo ông Toine Manders (CDA), đồng đàm phán viên, chỉ thị mới của EU mang tính chất 'động' để có thể điều chỉnh kịp thời, thậm chí trong một số trường hợp có thể xem xét lại các biện pháp đã áp dụng. Ông nhấn mạnh rằng tội phạm môi trường phát triển rất nhanh, luôn sử dụng các kỹ thuật và phương pháp mới. Đồng thời, các hoạt động kinh doanh có vẻ 'bình thường' cũng có thể gây hại (cho con người hoặc môi trường) và do đó cũng có thể bị truy tố.
'Đã đến lúc chúng ta phải cùng chống lại tội phạm xuyên biên giới này ở cấp độ EU thông qua các biện pháp hài hòa và đủ sức răn đe,' ông Manders nói. 'Với thỏa thuận này, người gây ô nhiễm sẽ phải chịu trách nhiệm.' Hơn nữa, việc những người lãnh đạo tại các công ty gây ô nhiễm cũng như bản thân các công ty phải chịu trách nhiệm pháp lý là rất quan trọng. 'Với việc áp dụng nghĩa vụ chăm sóc, không còn chỗ để trốn tránh sau các giấy phép hay các lỗ hổng trong luật pháp.'
Các quốc gia EU sẽ có quyền quyết định có theo đuổi các vụ việc phạm tội không xảy ra trên lãnh thổ của họ hay không. Do đó, các tội phạm môi trường gây thiệt hại ở các nước thứ ba có thể bị truy tố bởi một quốc gia thành viên EU. Ngoài ra, các quốc gia EU phải tổ chức các khóa đào tạo chuyên biệt cho cảnh sát, thẩm phán và công tố viên.