据农业联盟称，西班牙首席谈判代表César Luena（社会民主党）在协议中超出了他的谈判授权。
在周四凌晨达成的协议中，争议较大的第9条关于自然保护区及周边农业生态系统的内容被纳入其中。该条款上个月曾被欧洲议会以微弱的中右翼多数票删除。欧洲人民党/基督教民主党党团多月来一直努力将农业尽可能排除在自然保护提案之外。
第9条在环境专员Virginius Sinkevicius的最初提案中内容更为严苛，但后来获得欧盟环境部长们的支持版本有所减弱。事实上，在过去几个月中，最初委员会的提案已大幅弱化，但在周四凌晨通过委员和部长们的协商又被重新加强。
Copa-Cosega认为，西班牙社会民主党首席谈判代表Luena参与此事，应促使所有欧洲议会议员重新考虑这项协议。这被视为隐晦呼吁于11月底否决三方协商达成的协议。欧洲人民党/基督教民主党党团周五回应称“仍在研究该协议文本”。
协议中确立了自然恢复费用不得从共同农业政策预算中支付，农民也不得被强制参与自然恢复。且在最初十年内，此规则仅适用于Natura2000保护区，即便该区存在农业活动。
为评估自然恢复情况，将开发三项标准，欧盟国家可选择其中两项使用，包括蝴蝶数量统计、景观元素及有机碳含量。
在修订版本中，在欧洲人民党副主席Esther de Lange的推动下，加入了紧急刹车机制，以防食品供应可能受影响。该决策权不归欧盟各国，而由欧洲委员会掌握。