欧盟委员会坚持认为必须采取措施应对畜牧业、家禽及猪业带来的空气和土壤污染。委员会一位发言人表示，农业委员会对扩大《工业排放指令》(RIE)的反对意见被严重夸大了。
布鲁塞尔希望将畜牧业从150头牲畜起纳入监管，并收紧对猪场和家禽养殖的标准，以涵盖更多企业。但欧盟委员会表示愿意在某些方面达成妥协。委员会反驳称，这并非一个强加的规定，所有人都有机会参与讨论。
欧洲议会环境委员会(ENVI)同意在这些行业中也应实行“污染者付费”原则。农业委员会(AGRI)反对当前提案（与许多欧盟政府的立场相同），但绿党表示将在即将举行的三方会谈中提出妥协文本。
在一场联合听证会上，欧盟委员会发言人强调，畜牧业监管仅针对极大型养殖场，最多约占15%。但多位欧洲议会议员，如荷兰基督教民主联盟(CDA)议员Annie Schreijer-Pierik指出，在畜牧业发达的国家，150头牲畜并不算特别大。
几乎所有农业委员会成员都对《指令》名称中的“工业”一词感到困惑，仿佛这三个行业都是大型工业。委员会发言人只能指出，该指令名称已沿用多年，目前仅适用于略大规模的畜牧业。此外，委员会多少将责任推回议员，提醒他们不作为并非解决之道。
反对在农业中设定更严格环保要求的常见观点是，农业领域在许多方面已大幅减少污染。欧洲人民党(EVP)基督教民主派甚至认为应暂时停止推出新的环保要求。但委员会指出，硝酸盐污染数十年来并未得到有效遏制。
《工业排放指令》的主要目标（未来几年内强制行业采用最先进的现代技术）也遭受诸多质疑。有人指出，塞浦路斯的小型猪农与德国或西班牙的大型养猪场所面临的情况大不相同。
荷兰基督教联合党(SGP)议员Bert-Jan Ruissen向同僚们表示，农业环境政策可能需要完全改变思路：欧盟不再规定采用某种手段或技术，而是设定目标。农民可以在法律允许范围内自行选择实现目标的方法。“但这也意味着我们必须在目标计算中纳入动物福利、环境和气候因素，”他警告道。