对环境犯罪的打击力度也将进一步加大。今后对实施环境违法行为的个人或企业将施以监禁刑期，刑期长短将根据环境破坏的持续时间、严重程度及可逆性确定。对于情节严重的犯罪，最高刑期将达八年；涉及人员死亡的犯罪，未来最高可判十年监禁。其他犯罪的最高监禁期限为五年。
更新后的环境犯罪清单包括非法木材贸易、船舶污染以及违反欧盟化学物质法规的行为。同时还涵盖“加重罪行”，如大规模森林火灾或大范围空气、水和土壤污染。这些行为导致生态系统毁灭，类似生态灭绝。前提是行为人明确知悉其行为（或疏忽）是违法的，却仍然故意为之。
联合谈判代表托因·曼德斯（CDA）表示，新欧盟指令将具备“动态”特性，以便进行适时调整，有时甚至能够追溯修改。他指出，环境犯罪发展极为迅速，不断采用新技术和方法。此外，看似“普通”的商业活动也可能对人类或环境造成危害，因此同样构成犯罪。
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曼德斯说：“是时候在欧盟层面通过统一且具有威慑力的制裁措施打击这一跨境犯罪了。”他还指出，“通过这项协议，污染者将承担相应责任。”更重要的是，企业高管及企业本身都应被追究责任。“随着强制履行注意义务的实施，再也无法躲在许可或法规漏洞后面。”
欧盟成员国今后可自行决定是否对发生在其境外的犯罪行为进行起诉。这意味着某些在第三国制造环境损害的犯罪者，可能会受到欧盟成员国的追责。同时，欧盟各国还须为警察、法官和检察官提供专门的培训。