يكمن جوهر النظام المقترح من قبل المفوضية الأوروبية في تصنيف تقنيات NGT إلى فئتين. النباتات والأغذية الطبيعية التي يمكن أن تنشأ فيها التغيرات الجينية أيضًا عن طريق الطفرات الطبيعية لم تعد تُصنف كأطعمة معدلة وراثيًا. ومع ذلك، يجب أن تخضع جميع النباتات الأخرى المصنفة تحت تقنيات NGT لقواعد الكائنات المعدلة وراثيًا.
لكن الموقف الذي توصلت إليه دول الاتحاد الأوروبي حتى الآن لا يتخذ قرارًا بشأن بعض القضايا الحساسة، مثل تضمين "التزام الإبلاغ" على الملصقات إذا تم معالجة الغذاء باستخدام تقنية الكائنات المعدلة وراثيًا. تتجنب دول الاتحاد الأوروبي هذا الخيار من خلال إدخال إمكانية الانسحاب، مما يترك السماح ببعض التقنيات الجديدة للدول نفسها.
يسمح حل الوسط الذي أقره المجلس لدول الاتحاد الأوروبي بحظر زراعة النباتات المصنفة ضمن الفئة الثانية من تقنيات NGT على أراضيها. كما يمكنها اتخاذ تدابير لمنع انتشار هذه النباتات، سواء داخل حدودها أو عبر الحدود. ألمانيا لا توافق على مثل هذا الاستثناء.
يأتي الانتقاد للموقف الذي اتخذته أغلبية دول الاتحاد الأوروبي من أعضاء البرلمان الأوروبي من الحزب الأخضر. وصف الألماني مارتن هاوسلينغ الاقتراح بأنه "تحرير متطرف للضوابط" وانتقد غياب المتطلبات المتعلقة بالوسم، والتتبع، والمسؤولية.
بموجب تفويض التفاوض الذي حصلت عليه دول الاتحاد الأوروبي، يمكن الآن بدء المفاوضات الثلاثية مع البرلمان الأوروبي والمفوضية الأوروبية. ولن يتم اعتماد النظام ودخوله حيز التنفيذ إلا بعد التوصل إلى اتفاق بين المؤسسات الثلاث.
سبق أن دعا البرلمان الأوروبي إلى تنظيمات أكثر صرامة، خاصة في مجال الوسم وحقوق براءات الاختراع. ويواجه الزراعة العضوية وأنظمة الإنتاج الخالية من الكائنات المعدلة وراثيًا مخاطر كبيرة. تقضي المقترحات الحالية للمفوضية على القواعد التي تتيح التعايش بين الزراعة العضوية والزراعة التقليدية مع التعديل الجيني.