تتمثل المصادر الرئيسية للتلوث في الأسمدة والمركبات الكيميائية من القطاع الزراعي، التي تلوث المياه بمغذيات مثل النيتروجين والفوسفور مما يؤدي إلى التحلل الغذائي. بالإضافة إلى ذلك، يساهم مياه الصرف الصناعي في التلوث الكيميائي للأنهار والبحيرات والمياه الساحلية.
كما أن التغييرات الهيكلية في مجاري المياه مثل السدود والقنوات ساهمت في التدهور البيئي، بحسب تقرير جديد لوكالة البيئة الأوروبية.
تعتبر المياه السطحية حاسمة للحفاظ على التنوع البيولوجي، لكن في العديد من المناطق بشمال غرب أوروبا (بما في ذلك بلجيكا، هولندا وألمانيا) توصف جودة أكثر من 90% من المسطحات المائية بأنها متوسطة، سيئة أو سيئة جداً.

