وفقًا للمحكمة، لم يكن من حق الوزيرة بموجب التشريع الأوروبي أن تأخذ بالاعتبار الاعتبارات الاقتصادية (كما طالب المزارعون)، بل فقط الجوانب البيئية والطبيعية. وتقرر المحكمة أن المواطن البيئية قد تم إدراجها بالفعل عند تطبيق قانون Natura2000، ولكن الحالة الطبيعية لها قد تكون قد تدهورت خلال السنوات الماضية.
في هذه الحالة، قد تعرض الحكومة نفسها لخطر التوبيخ من قبل الاتحاد الأوروبي إذا تم انتهاك حظر التدهور المزعوم، ولم تفعل الوزيرة شيئًا حيال ذلك.
تم تقديم العديد من الطعون حول قرار الوزيرة في أنحاء هولندا إلى عدة محاكم. نظرت محكمة أرنهم في حوالي 70 قضية خلال جلسات متعددة في منتصف مارس. أغلب الطعون قُدمت من مزارع تخشى من عواقب تحديث الحالة. كما قدّمت جمعية Leefmilieu ردًا لمنع التراجع عن حماية مناطق Natura 2000.
ذكرت المحكمة في حكمها أنها تدرك أن الشركات (المزارعين) تشعر بالقلق من تأثير هذا القرار على أعمالهم. كثير منهم قالوا إنهم لم يدركوا مسبقًا أن تحديد مناطق Natura 2000 سيكون له تأثير كبير بهذا الشكل.
علاوة على ذلك، يشعر المزارعون حاليا بضغط هائل بسبب مشكلة النيتروجين، ويرون أنه من غير العدل أن يدفع القطاع الزراعي بشكل رئيسي ثمن هذه المشكلة. ويعد قرار التعديل المثير للجدل مثالًا جيدًا على ذلك، إذ يتبين الآن أنه يمكن تعديل مناطق Natura 2000 التي تم تحديدها سابقًا بأثر رجعي.
في الحكم النهائي، أبقت المحكمة على قرار الحكومة. وذلك لأن الوزيرة ملزمة بموجب القانون الأوروبي بضمان صحة (حماية) المواطن والأنواع في مناطق Natura 2000. وعندما تظهر بيانات بيئية حديثة أن هناك أنواعًا أو مواطن لم تُدرج، يجب على الوزيرة تصحيح التحديد السابق.
ما كان ينبغي على الوزيرة القيام به سابقًا هو وضع خرائط أنواع المواطن البيئية متاحة للاطلاع. لكنها لم تفعل ذلك. ومع ذلك، هذا لا يغير من نتيجة القضايا لأن تلك الخرائط كانت متاحة في قضايا الطعن، مما أتاح للمزارعين فرصة الرد لمدة تزيد على العام. كثير من الشركات الزراعية لم تفعل ذلك.