Същността на предложеното от Европейската комисия регулиране е разделянето на NGT-техниките в две категории. Растенията и натуралните храни, чиито генетични промени могат да възникнат и чрез естествени мутации, вече няма да се класифицират като генетично модифицирани храни. Всички други NGT растения обаче продължават да попадат под правилата за генетично модифицирани организми.
Но настоящата позиция на държавите от ЕС не взема решение за някои спорни въпроси, като например включването на „задължение за уведомяване“ на етикетите, ако храната е обработена с ГМО технология. Държавите от ЕС избягват това решение, като вграждат възможност за изключване (opt-out), при която позволяването на някои нови технологии се оставя на преценката на самите държави.
Компромисът на Съвета позволява на държавите от ЕС да забранят отглеждането на NGT растения от втората категория на тяхна територия. Те също така могат да предприемат мерки за предотвратяване на разпространението на тези растения както в рамките на собствените си граници, така и отвъд тях. Германия не се съгласява с такова изключение.