Особено използването на химикали в селското стопанство е подложено на критика.
Европейската комисия заявява, че настоящите мерки срещу замърсяването на водите са недостатъчни. Според множество изследвания нитратите и други селскостопански химикали са основни причини за лошото качество на водата. Особено в региони с интензивно земеделие, реките, езерата и подземните води са сериозно замърсени.
Поради тази причина Комисията иска да затегне съществуващата Директива за нитрати. В предложението се призовава сред другото за намаляване на потреблението на вода с десет процента до 2030 година. Комисията посочва нарастващите проблеми с сушата в Европа и предупреждава за възможни последствия за продоволствената сигурност и биологичното разнообразие.
Според няколко източника предложението е спорно в Европейския парламент. Особено в комисията по земеделие и сред селскостопанските лобита се очаква силен натиск срещу него. Те се страхуват, че по-строгите екологични правила ще бъдат за сметка на фермерите и ще окажат натиск върху производството на храни.
Друг спорен момент е политическата чувствителност около екологичните и климатични закони на Зелената сделка. Според Politico членове на ЕНП, най-голямата фракция в Европейския парламент, са поискали във проектодоклада за управление на водите всички препратки към Зелената сделка да бъдат премахнати – дори думата „Зелена сделка“ не бива да се споменава.
Критиките от парламента не се ограничават само до съдържанието. Според доклади има и възражения срещу начина, по който Европейската комисия комуникира: че предложенията се представят като технически необходими, докато последствията за земеделието и икономиката са политически обременени.
Няколко източника посочват нарастваща тенденция, при която краткосрочните интереси, като икономически растеж и осигуряване на храни, сякаш тежат повече от дългосрочните мерки за устойчивост. Комисията обаче подчертава, че бездействието увеличава риска от структурна суша и екологични щети.
Все пак изглежда, че Европейската комисия е решена да прокара предложението. Посочват се и предишни ангажименти на държавите от ЕС за по-добра защита на околната среда, които досега не са изпълнени достатъчно добре. Все още не е ясно в какъв вид ще бъде окончателно прието предложението. Ясно е обаче, че управлението на водите заема все по-важно място в дневния ред на Брюксел.